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linux 弹出U盘: 目标忙 解决方案
邓飞 2019-10-16 07:58
在linux 系统中弹出U盘,报错,显示目标忙的解放方案: 1. 查看挂载点 df -h # df -h 文件系统 容量 已用 可用 已用% 挂载点 /dev/mapper/centos-root 50G 16G 35G 31% / /dev/sdc1 &nbs ...
个人分类: 便捷操作|6046 次阅读|没有评论
读文献:全基因组选择模型进展及展望
邓飞 2019-10-15 08:24
令人击节的一段话: 随着全基因组选择统计模型的不断改进优化,模型的稳定性及准确性不断提高,但是依然面临两个重要的挑战,即计算准确性和计算效率;直接法(GBLUP为代表)计算效率较高,但是计算准确性略差于间接法(BayesB为代表),虽然学者对直接法进行了改进,但是由于改进的策略中人为设定参数较多,因此模型的预 ...
个人分类: 文献解析|7010 次阅读|没有评论
大量阅读的重要性--读书笔记
热度 2 邓飞 2019-8-13 22:56
最近读了一本书,是李家同的《大量阅读的重要性》,作者是台湾作家,1939年生,和我爷爷大小差不多,书中的很多观点,我很有感触,挑取一些写一下感受。 书中的序言中,讲到孩子读课外书,和不读课外书的区别: 不读课外书的孩子,即使他的专业知识不错,他也不可能在职场上发展很顺利,因为他很难和陌生人闲谈。如果 ...
个人分类: 随感|4212 次阅读|2 个评论 热度 2
因为一个序言爱上一本书《无穷的开始--世界进步的本源》
邓飞 2019-8-6 22:44
去图书馆淘书,发现了一本好书,看到序言后,毫不犹豫的借回来了。这是什么样的一本书呢? 书的名称: 《无穷的开始—世界进步的本源》【英】 戴维.多伊奇(David Deutsch) 序言是袁越所作《被好解释改变的世界观》: 书籍的分类 第一种,告诉你以前不知道的事情,比如奇闻异事,风趣百科 第二种,教会你以前不具 ...
个人分类: 杂谈|2711 次阅读|没有评论
GBS hapmap 格式 转化为Plink格式:tassel vcftools方法汇总
邓飞 2019-7-31 20:22
1. 参考资料 https://zhuanlan.zhihu.com/p/38590403 环境:linux系统 2. 安装软件 首先,要安装 anaconda 或者 miniconda ,然后使用 conda install 进行软件安装, 安装conda方法: https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux/ 2.1 安装tassel git clone https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel ...
个人分类: 农学统计|7258 次阅读|没有评论
GGE Biplot 双标图如何看?
邓飞 2019-7-31 20:17
0. GGE 双标图定义 GGE 的意思是在主成分分析时, 分解的是G+GbyE,然后根据PC1和PC2作双标图,称为GGE Biplot。 1. 几种不同类型的GGE双标图 1.1 基本图形1 单纯的将PC1和PC2投射到双标图中,标清楚品种和地点。 1.2 环境间的关系 从中心到各个环境做一条线段,主要是评价环境的区分性和相似性。 两环境 ...
个人分类: 农学统计|15881 次阅读|没有评论
AMMI模型怎么看?
邓飞 2019-7-31 20:13
0. AMMI模型定义 AMMI的全称:效可加互作可乘(Additive main multiplicative interaction, AMMI)。 AMMI通过从加性模型的残差中分离模型误差和干扰,提高估计的准确度。并且借助于双标图可以更直观的描述和分析基因型与环境互作模式。 公式: 1. 主成分意义 参考: https://www.slideshare.net/Balaji ...
个人分类: 农学统计|5356 次阅读|没有评论
R语言中dcast 和 melt的使用
邓飞 2019-7-23 22:16
1. 图片说明 2. 例子 示例数据: set.seed(123) dat = data.frame(ID = paste0(ID_,1:10),y1 = rnorm(10),y2=rnorm(10),y3=rnorm(10),y4 = rnorm(10)) dat 结果 dat ID y1 y2 &nb ...
个人分类: R语言|16507 次阅读|没有评论
R语言如何绘制小提琴图violin plot
邓飞 2019-7-23 22:13
1. 安装vioplot软件包 install.packages(vioplot) 2. 测试数据 生成一段随机数的数据框 dat = data.frame(y = rnorm(1000)) 绘制小提琴图 library(vioplot) vioplot(dat$y) 关注我 公众号:育种数据分析之放飞自我 ID: R-breeding ​
个人分类: R语言|12828 次阅读|没有评论

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