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农学统计| 杂谈| 随感| 翻译博客| 便捷操作| 文献解析| Python和Julia学习| R语言| 数量遗传学| 机器学习| GWAS|

R语言操作文件与文件夹总结笔记: 邓飞 2021-7-27 20:48; 有时候，编写代码时，需要查看一下当前文件夹的内容，有时候需要创建文件或者文件夹，之前都是在windows系统或者Linux系统下创建好，但总不够原滋原味。这里，总结一下常用的文件创建，文件夹创建，判断是否存在，文件复制，文件删除等操作。「太长不看版：」 ##浏览功能 dir#浏览整体文件及文件 ...; 个人分类: 农学统计|6338 次阅读|没有评论

使用TASSEL学习GWAS笔记（3/6）：基因型数据可视化：kingship，PCA，MDS: 邓飞 2021-7-25 19:29; 第三篇：基因型数据可视化：kingship，LD，MDS，PCA 笔记计划分为六篇：第一篇：读取plink基因型数据和表型数据第二篇：对基因型数据质控：缺失质控，maf质控，hwe质控，样本质控第三篇：基因型数据可视化：kingship，LD，MDS，PCA 第四篇：一般线性模型进行GWAS分析（GLM模型）第五篇：混合线 ...; 个人分类: GWAS|4142 次阅读|没有评论

使用TASSEL学习GWAS笔记（2/6）：对基因型数据进行质控及导出基因型: 邓飞 2021-7-25 19:28; 使用TASSEL学习GWAS笔记（2/6）：对基因型数据进行质控及导出基因型昨天，我介绍了TASSEL的安装和读取plink基因型数据，使用TASSEL学习GWAS笔记（1/6）：读取plink基因型数据和表型数据这里，我们查看一下基因型数据导入后，如何对数据进行质控。 1. 导入后的基因型文件导入后的基因型数据： 2. 对基 ...; 个人分类: GWAS|3908 次阅读|没有评论

使用TASSEL学习GWAS笔记（1/6）：读取plink基因型数据和表型数据: 邓飞 2021-7-25 19:27; 使用TASSEL学习GWAS笔记（1/6）：读取plink基因型数据和表型数据今天整理一下TASSEL操作GWAS的笔记。笔记计划分为四篇：第一篇：读取plink基因型数据和表型数据第二篇：对基因型数据质控：缺失质控，maf质控，hwe质控，样本质控第三篇：基因型数据可视化：kingship，LD，MDS 第四篇：一般线性模型进行 ...; 个人分类: GWAS|5420 次阅读|没有评论

Rstuido server选择不同的R版本（conda中的不同R版本）: 邓飞 2021-7-5 20:46; 自从上一次服务器重装系统之后，总感觉缺少了一些东西，安装R包很多依赖库报错，也可以解决，但总是存在，烦。一天，一个同事问我说 ggpubr 包安装不成功，我就自己试了一下，真的是……安装不成功。当你到了我这个年纪（破罐子破摔），你就会知道，「如果有包安装不上，那就不安装了」。所以我就用资深数据分析 ...; 个人分类: R语言|5872 次阅读|没有评论

平凡而忙碌的一天: 邓飞 2021-6-30 08:14; 周一早上，刚下火车，就被问是否打过疫苗。我回答说“还没有打”，就被建议去打疫苗，说是七月一号之后，疫苗信息会更新到行程码上，如果没有打疫苗，地铁、公交会有限制。说是现在的疫苗是一针剂量的，只用打一次就行。心想那就打吧，就随工作人员去打疫苗的场所，先是登记了一下个人信息，身体条件等内容，然后就到 ...; 个人分类: 随感|1500 次阅读|没有评论

数量遗传学，分享几本书的电子版: 热度 1 邓飞 2021-6-27 16:57; 今天，分享我收集的几本电子书，这次将所有电子书汇总一下，分享一下。就我学习“数量遗传学”的经验，书要多本书一起看才会理解更透彻，有时候一本书不懂的地方，在另一本书中就能恍然大悟，每本书的偏重不一样，读起来补充的知识点也就不一样。 ok，来介绍一下书籍。第一本：《Linear Models for the Prediction o ...; 个人分类: 农学统计|3408 次阅读|2 个评论热度 1

总结 | R语言批量读取写入Excel数据: 邓飞 2021-6-19 17:21; 前一段，写过一篇： R语言中写入Excel的不同sheet表格，最近学习了tidyverse的方法，感觉需要总结一下，更新一下知识结构。本文准备用实际数据，做一下操作：「批量读取：」批量读取多个Excel数据批量读取一个Excel数据的不同表格「批量写入」批量写入Excel数据 1，批量写入到不同 ...; 个人分类: 农学统计|5668 次阅读|没有评论

一文讲清遗传相关: 邓飞 2021-6-18 21:37; 一些育种的基本概念，需要看教科书理解一下。这次我学习教科书，加深对相关概念的理解，最后用实际数据演示一下如何计算遗传相关及显著性。「参考书：」 Raphael A.Mrode编著，于向春张豪主译《线性模型在动物育种值预测中的应用》第三版陈国宏, 张勤. 动物遗传原理与育种方法 . 中国农业出版社, 2009. ...; 个人分类: 数量遗传学|3748 次阅读|没有评论

tidyverse之汇总统计: 邓飞 2021-6-16 22:36; 之前写过一篇博客，介绍R语言的 aggregate 函数的汇总统计，最近学习 tidyverse ，感觉更好用，对比学习一下。 1 模拟数据这里模拟了4个因子,5个观测值的数据框, 主要介绍了一下几种方法的汇总统计: 1, 单变量~单因子,单个个统计量, 这里使用平均数mean 2 单变量~单因子,多个个统计量, 这里使用自定义的函 ...; 个人分类: 农学统计|2032 次阅读|没有评论

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