博文
- 通过代码理解中心化和标准化
- 1. R中的方差和标准差 「方差： var ，是样本方差」 ❝ var(y) instructs R to calculate the sample variance of Y. In other words it uses n-1 'degrees of freedom', where n is the number of observations in Y. ❞ 「标准差： sd ，是样本标准差」 ❝ var(y) instr ...
- 亲缘关系推断软件：king
- ❝ 今天是端午节，放假了几天，除了分析一个紧急的项目，基本处于放空状态。没有工作，没有动脑。主要内容是遛娃，吃饭，睡觉。下午回来，放空几天的大脑开始回归，想起自己好久没有发文了，介绍一款亲缘关系推断的软件： king ❞ 1. 亲缘关系推断重要性 育种中，判断亲子关系，判断全同胞半 ...
- R语言循环第三境界：purrr包map函数！
- 1. 三境界 R语言写循环有 三境界 : 手动for循环 apply系列 purrr泛函式编程 其中，手动for循环我最常用，apply系列半吊子，purrr函数越用越趁手，这里介绍一下purrr编写循环的方法。 2. 泛函式函数 「泛函式定义：」 ❝ 函数的函数称为泛函式，map(x,f)中，map是函数，f也是 ...
- 混合线性模型的可视化
- 1. 数据 这里使用 sleepstudy 数据集，看一下免费的R包 lme4 和付费包 asreml 如何处理不同的混合线性模型，以加深对混合线性模型的理解。 「数据描述：」 ❝ 睡眠剥夺研究中受试者每天的平均反应时间。第0天，受试者有正常的睡眠时间。从那天晚上开始，他们每晚只能睡3个小时，依次进行0~9天。观察结 ...
- 混合线性模型的理解 | 学霸和富二代的故事
- 富二代和学霸的故事 看一下 lmer 函数拟合混合线性模型的通用函数： 举个例子，在一个课堂上，小学六年级，班里面有30个学生，这些学生有一年级到五年级的学习成绩，现在根据这些数据，预测这些学生六年级的成绩。 「学生分类：」 富二代，富二代家里有钱，幼儿园和小学都有私人教师，个性化补习，起点较高 ...
- 文献下载文献阅读的方法分享 | 我的三板斧
- 这几天在新疆培训，沟通起文献下载文献阅读的方法，这里我分享一下我的三板斧。 1. 搜索文献 1.1 百度学术 「推荐指数：」 *** 文献下载，或者关键词查询，可以用 百度学术 ：https://xueshu.baidu.com/ 在这里插入图片描述 搜索一篇文献之后，如果有pdf链接，可以直接打开下载： 现在百度学术， ...
- 用最酷的方法学习R语言
- 1. 看大神怎么说 前几天去新疆培训，制作了R语言的基础教程，在翻阅资料时，看到了 知乎张敬信 关于R学习的观点，很是赞同。 张敬信老师写了一本书 《R语言编程--基于tidyverse》 ，网址：https://github.com/zhjx19/introR 下面几段是书中的话： ❝ 国内的R语言博客、教材大多数都很落后。初学R语言 ...
- 如何安装GWAS分析软件R包：GAPIT
- 「太长不看版」 在R中运行下面命令即可安装成功PAPIT软件。 #安装GAPIT软件做GWAS分析 if (!requireNamespace( BiocManager ,quietly=TRUE)) install.packages( BiocManager ) source ( http://zzlab.net/GAPIT/GAPIT.library.R ) source ( http ...
- 机器学习路线图
- 之前，在公众号上写了一个专辑《进军机器学习》，时间跨度两年了，还是学学停停，同样学习的朋友都已经到 「深度学习」 、 「神经网络」 、 「强化学习」 了，而我还在机器学习的门口左右徘徊。关于机器学习的学习，我有很多经验，因为我深深的知道 「不花钱是不能够学到东西的，毕竟充值才能让你变强」 的道理，我也知道 ...
- R语言中的方差分析汇总
- 方差分析，是统计中的基础分析方法，也是我们在分析数据时经常使用的方法。下面我总结一下R语言如何对常用的方差分析进行操作。 1. 方差分析的假定 上面这个思维导图，也可以看出，方差分析有三大假定：正态，独立和齐次，如果不满足，可以使用 广义线性模型 或者 混合线性模型 ，或者 广义线性混合模型 去分 ...
