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DMU-遗传参数评估-学习笔记1
2018-11-11 20:56
DMU软件介绍 DMU是一个数量遗传学工具包,主要功能包括估计方差组分和固定效应,预测育种值。在丹麦动物育种研究中,DMU是一个主要的统计研究工具(估计和预测)。此外,DMU也应用于丹麦牛,羊,貂和马等常规遗传评估研究。“DMU”名称最初来自于程序包中用来进行初始化的过程名字缩写。这些过程利用约束最大似然法(REML ...
个人分类: 数量遗传学|8317 次阅读|没有评论
JWAS: 基于Julia开发的一款基于贝叶斯的GWAS和GS软件
2018-11-6 18:58
小编寄语 现在动植物遗传评估领域, 还是Fortran的天下, 相信未来Julia可以在全基因组选择领域中占得一席. Julia是一个神奇的语言, 据说是速度非常快, 也非常友好的语言. 它从编译型语言C, C++以及Fortran中借鉴了速度, 从动态语言比如R和Python借鉴了友好. Julia是下一代的数据科学语言. 前途十分光明. JWAS是依据Jul ...
个人分类: 数量遗传学|4867 次阅读|没有评论
如何对数据进行汇总统计(R语言)
2018-10-30 21:11
1 模拟数据 这里模拟了4个因子,5个观测值的数据框, 主要介绍了一下几种方法的汇总统计: 1, 单变量~单因子,单个个统计量, 这里使用平均数mean 2 单变量~单因子,多个个统计量, 这里使用自定义的函数func 3 单变量 ~ 多因子, 单个个统计量 4 多变量~单因子 5 多变量~多因子 1.1 模拟数据代码 dat = data.frame( ...
个人分类: 农学统计|11755 次阅读|没有评论
Python学生物统计---方差分析---学习笔记7
2018-10-28 20:28
OLS: 最小二乘法 fromscipyimportstats importpandasaspd importnumpyasnpfromstatsmodels.formula.api importolsfromstatsmodels.stats.anova importanova_lmfromstatsmodels.stats.multicomp i ...
个人分类: Python和Julia学习|6380 次阅读|没有评论
《大国宪制》读后感---题记
2018-10-26 20:43
这本苏力的大国宪制,匆匆读过,感触有很多。 但仅仅是感触很多,头脑中有太多的东西,来不及写出来就忘了。以为自己能写出很多感触, 没想到腹内草莽。最近在想读书和思考的关系,孔子云:“吾尝终日不食,终夜不寝,以思,无益,不如学也”,荀子也大致说过类似的话:“吾尝终日而思矣,不如须臾之所学也;吾尝跂而望矣 ...
个人分类: 杂谈|4729 次阅读|没有评论
R语言混合线性模型包代码演示
热度 1 2018-10-25 19:55
之前翻译了一篇博文 R中的线性混合模型介绍(翻译博客) , 但是里面的示例代码显示不友好, 今天重新整理. 数据来源: MASS软件包的oats数据 oats数据, 这是一个燕麦的裂区试验数据, 主区是品种, 裂区是施肥N, 重复是B区组, 观测值是产量Y The yield of oats from a split-plot field trial using three varieties and f ...
个人分类: 农学统计|11709 次阅读|1 个评论 热度 1
R语言数据和统计结果怎么更友好显示并输出到word
热度 1 2018-10-24 20:00
1. 软件包介绍: xtable和flextable 这个软件包, 主要是可以将R的对象生产Latex和html的格式,但是对于输出word和直接在R中显示支持不够. 这样就用到到了第二个软件包: flextable. flextable有很多功能, 比较好用的是它可以将xtable的格式转化为flextable, 这样就可以进行图表的可视化和结果输出, 它可以输出word和PPT格 ...
个人分类: R语言|7625 次阅读|2 个评论 热度 1
Python学生物统计---T检验---学习笔记6
2018-10-21 14:37
T 检验是最基础的统计检验, 统计书中最开始的一章节, 主要用于连续变量的显著性检验, 分为: 与固定值的T检验 配对样本T检验 独立样本T检验 fromscipyimportstatsimportpandasaspdimportnumpyasnpfromstatsmodels.formula.apiimporto ...
个人分类: Python和Julia学习|4314 次阅读|没有评论

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