博文
- 全基因组选择介绍及实践-1
- 1, 序言 这篇是基因组选择的理论加实践，因为我看到一句话，Talk is cheap. Show me the code，很有感触，有感而写。使用的包是R的sommer和asreml，其实强健的还是成熟的软件，比如DMU，BLUPF90，PIBLUP，ASreml等，但sommer作为基本功能的演示，非常合适。 2, 定义 基因组选择(Genomic Selection, GS), 利用覆盖全基 ...
- R语言与独孤九剑
- 三问Python哪里比R好? 为什么要这么做呢, R语言不是很好么, 为什么要换语言呢? 如果实现的功能可以用R语言实现, 为什么要替换为Python呢? R语言学好了么, 完全掌握了么? 为什么要换呢? 这不是给自己找麻烦么? 为什么R比Python好? R语言非常博大精深, 里面有很多专业的包, 有各种各样的算法, 处理数据, 清洗 ...
- shiny学习笔记3--利用rmarkdown生成html报告
- 第一个博文讲了如何构建shiny app, 如何上传数据. 第二个博文讲了如何利用shiny app, 下载数据. 这里我们利用下载报表, 使用的是rmarkdown格式. 功能很强大. 流程 1, 生成数据代码: ID = 1:20 y = rnorm(20) dat = data.frame(ID,y) 2, 生成一个rmarkdown文件, head, summary, plot, 以及内容. 3, 下载报表 sh ...
- shiny学习笔记2-下载数据
- 上一篇, 介绍了shiny app的创建, 包括如何上传数据, 查看数据及汇总数据. 这里我们介绍如何下载数据. 流程 1, 生成20个随机数, 编号为1:20 2, 下载为csv格式 生成数据代码: ID=1:20 y=rnorm(20) dat=data.frame(ID,y) shiny代码 library(shiny) library(data.table) ...
- shiny学习笔记1---上传数据
- Shiny简介 Shiny是RStudio公司开发的新包，有了它，可以用R语言轻松开发交互式web应用。 Shiny特性 只用几行代码就可以构建有用的web应用程序—不需要用JavaScript。 Shiny应用程序会自动刷新计算结果，这与电子表格实时计算的效果类似。 当用户修改输入时，输出值自动更新，而不需要在浏览器中手动刷新。 Shin ...
- 科学算命以及全基因组选择的讨论
- 手相数据 想知道教科书似的事业线长什么样子么? 大家都对自己的手相感兴趣, 主要因为大家只对自己感兴趣, 而看手相是激发大家对自己感兴趣的方法 所用的术语也很简单, 横的三条分别是感情线, 智力线和生命线, 竖的一条是事业线. 另外还有婚姻线以及财富线 我们的理论假定: 手相是标记的多态性, 生命线是一个SSR标记, ...
- 单性状动物模型矩阵形式计算BLUP值
- 段子: 同事去大骨头, 吃过之后进行了抽奖, 然后向我炫耀, 看我抽到了一个小猪佩奇. 照片如下: 我看过之后, 冷静的说, 首先, 我们去吃饭, 奖品都是送的, 不需要抽奖的. 其次, 这是乔治, 不是佩奇. 1, 数据 这次使用一个PPT里面的数据,用R语言演示一下如何做BLUP值计算. 下面是生成数据的代码 Chang& ...
- 人际交往能力远比你想象的重要
- 最近在读《软技能—代码之外的生存指南》一书，全书内容非常精彩。。。 话说“非常精彩”这四个字有一个段子，高中同学在地摊上买了一本冒名为韩寒的小说，那时候韩寒很有名气的，然后很多小说都假冒他的名字出书，路上碰到女同学，看他手里有书，就问他借，并问他书怎么样。同学为了显示博才多学以及各种fashion ...
- 基因型数据012及-1,0,1计算基因频率
- G矩阵计算时, 有不同的编码形式, 我们看一下计算的区别. 第一种方法按照012, 即AA是0, 表示major基因, 1 表示杂合, 2表示aa(minor). 第二种方法按照-1, 0, 1, 即-1是AA, 表示major基因型, 0表示杂合, 1表示aa(minor). 下面我们模拟一下数据, 看一下两者计算的区别. 数据 dat=data.frame(snpid& ...
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