博文
- 测定日模型及随机模型介绍
- 1. 概念区分 1.1 测定日模型(Test-day-model)与随机回归模型(Random-regression-model)的区别 测定日模型主要是分析奶牛在不同测定日产奶性状的模型 随机回归模型, 主要是分析一个个体有多个观测值的数据, 即纵向数据(longitudinal data)或者称为面板数据(panel data) 测定日模型是随机模型的一种类型 1.2 动物育 ...
- DMU 遗传参数评估 cookbook(pdf)
- 之前在 公众号 写了一些DMU的教程, 现在将内容整理为pdf: 大纲: 目录 公众号后台: 回复 DMU, 获取下载链接. 公众号ID: R-breeding
- snakemake 学习笔记3
- 目标 这次, 我要实现这个路程图. 目标介绍 第一: 生成1.txt , 2.txt, 3.txt 第二: 向每个文件中加入”add a”字符, 命名为:1_add_a.txt, 2_add_a.txt, 3_add_a.txt 第三: 向文件中增加”add b”, 命名为:1_add_a_add_b.txt, 2_add_a_add_b.txt, 3_add_a_add_b.txt 第四: 向文件中增加”add c”, 命名为: ...
- snakemake-学习笔记2
- 参考资料 一个稍微复杂的案例 这是另一个snakemake的案例, 之前介绍过通过简单的方法 , 使用snakemake, 这里我们用另一个案例, 看看snakemake的用法. 过程介绍 1, 安装snakemake 2, 新建文件 3, 新建一个简单的Snakemake参数文件 4, 扩展, 去关联输出文件 5, 使用全局变量, 关联文件 6, 批量运行 1, 安装s ...
- snakemake 学习笔记1
- 1, snakemake介绍 Snakemake是用Python3写的一个流程化工具, 非常方便. 官网上 的例子有点难度, 这里用最简单的案例解释一下snakemake的应用方法. 安装方法 easy_install3 snakemake 或者: pip3 install snakemake 也可以从源文件安装: git clone https://bitbucket.org/snakemake/snakemake.git cd snake ...
- 从读书到别人思想的跑马场
- 热度 1
- 高中时，酷爱读书，搜集各种名著看，无心学习，只想看书。 我的方法很简单，高中时，有介绍语文各个知识的一本厚厚的书籍，后面有世界名著和中国名著的大体介绍，我就按照书单，寻找相关书籍，一本一本的看。看了多少我也记不清了，反正成绩一落千丈，满脑子都是对未知事情的探索，我想知道未来是怎样的，我想知道 ...
- 如何优雅的使用markdown写博客--微博图床使用说明
- 热度 2
- 一: 我的理想 我一直有一个理想, 写博客就舒心的去写, 然后能够在知乎, 简书, csdn, 科学网上任意复制, 这是多么快意的人生. Markdown的出现, 满足了我90%的需求, 一个痛点就是图片的问题, 毕竟花40分钟写文章, 然后花半小时上传到不同平台的事情是不能够忍受的, 其中花费时间最多的, 第一是错别字修改, 第二就是上传图 ...
- 育种4.0世代的到来个人应该准备什么
- PPT引用 今天看到王冰冰老师在”2019 年国家良种重大科研联合攻关部署会议”中的报告《国际种业发展态势》, 里面阐述了育种4.0世代的到来， 深有感触，下面是PPT内容，中间加了我的笔记。 邓飞笔记： 王冰冰老师一直在相关行业，关键词：遗传育种，生物信息，基因组学，先锋，孟山都，华智，百奥云。真的是行业内 ...
- 全基因组选择介绍及实践-2：构建H矩阵
- 1, 编者自语 H矩阵作为一步法的入门技术, 是需要掌握的, 本文以一篇文献为例, 介绍如何从头构建H矩阵. 文章包括H矩阵推导过程和代码实现. 2, H矩阵定义 基因组选择中, GBLUP的一个挑战是, 在参考群构建时, 需要两步, 第一步根据系谱和表型数据, 计算出伪数据(pseudo-data)(比如, 根据系谱计算公牛的女儿产奶偏差作为表 ...
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