育种数据分析之放飞自我

邓飞
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工作情况:北京康普森农业科技有限公司,育种数据分析师
研究领域:生命科学->遗传学与生物信息学->生物信息学
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遗传力计算 | 1,随机区组RCBD计算广义遗传力

遗传力计算 | 1,随机区组RCBD计算广义遗传力 之前写过几篇博客,介绍植物育种数据中,如何计算广义遗传力,本次博客计划系统的介绍一下。所谓系统,就是包括:数据,代码,结果解读和重演。确保看到即学到,学到能用到。 「系列内容:」 1,随机区组RCBD计算广义遗传力 2,一年多点随机区组计算广义遗传 ...
2022-3-8 19:29

计算群体GWAS分析所需要的最少SNP个数

GWAS和GS分析中,都有一个假定: 「假定至少有一个SNP标记与所控制性状的QTL(基因)处于连锁不平衡状态(LD)」 ,那怎么满足这个条件呢,就需要覆盖全基因组的标记,需要计算群体LD的衰减距离,进而计算进行GWAS分析时所需要的最少SNP的个数。 公式 所需最小标记量基因组大小衰减距离 举例 现在求出 ...
2022-2-8 20:54

BLUP育种值如何计算准确性

大家好,我是飞哥。 「育种值的准确性是什么呢?为何要计算育种值的准确性呢?」 育种值的准确性的大小可以反应育种值计算的准确性如何,如果准确性高,就说明计算育种值时依赖的信息多(比如亲子关系、同胞关系等),结果就可靠。 ❝ 育种值也可以计算可靠性,它是准确性的平方 ❞ 另外,对于不 ...
2022-2-7 20:38

R语言如何筛选数据框中的列--select

大家好,我是飞哥呀。 我们知道,R语言学习,80%的时间都是在清洗数据,而选择合适的数据进行分析和处理也至关重要,如何选择合适的列进行分析,你知道几种方法? 如何优雅高效的选择合适的列,让我们一起来看一下吧。 1. 数据描述 数据来源是我编写的R包 learnasreml 中的 fm 数据集。 r$library(le ...
2022-1-20 19:42

GCTA学习8 | 计算多性状遗传力和遗传相关

。前面的几节中,我们介绍了GCTA计算G矩阵,和单性状遗传力的计算,它本质上就是GBLUP的估计,但是速度快很多。本节我们介绍,两性状遗传力和遗传相关的计算。 1. GCTA计算两性状遗传相关常用参数 1.1 --reml-bivar(必须) 这部分,是使用reml的方法进行估计方差组分。默认的是AI算法,可以使用EM算法。 ...
2022-1-20 19:41

GCTA学习7 | 计算单性状遗传力和标准误

前面的几节中(请翻看博客之前的博文),我们介绍了GCTA计算G矩阵,本节我们介绍,如果使用GCTA进行遗传力的估计。 1. GCTA计算单性状遗传力常用参数 1.1 --reml(必须) 这部分,是使用reml的方法进行估计方差组分。默认的是AI算法,可以使用EM算法。 1.2 --reml-alg 指定迭代方法(非必须) ...
2022-1-18 21:12

GCTA学习5 | GCTA计算PCA及可视化

GCTA计算PCA时,要两步走: 第一步:构建kinship矩阵(有两种方法) 第一种:Yang的方法 --make-grm 0 第二种:Van的方法 --make-grm-alg 1 第二步:PCA计算 1. GCTA构建kinship的方法 使用 --make-grm-alg 进行设置,0位Yang的方法,1位Van的方法。 「Yang的方法:」 GRM = sum{ / }/N ...
2022-1-17 19:02

GCTA学习6 | GCTA计算GRM矩阵(kinship矩阵)

GRM矩阵,全称:genetic relationship matrix (GRM)。 GCTA计算GRM有两种方法 默认的Yang,--make-grm-alg 0 Van的方法:--make-grm-alg 1 GCTA计算GRM有两种形式 默认的二进制形式:--make-grm,或者 --make-grm-bin 文本格式(三元组):--make-grm-gz 1. GCTA计算GRM:二进制 下面这两个命 ...
2022-1-17 19:00

GCTA学习4 | GCTA说明文档--功能分类及常见问题

1. GCTA 说明文档 最新版是2021-06-01更新,共有98页: GCTA说明文档 :https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/static/gcta_doc_latest.pdf 2. GCTA功能分类 2.1 遗传力、遗传相关、表型预测 GRM:构建亲缘关系矩阵 Inbreeding:计算近交系数 Heritability:估算方差组分和遗 ...
2022-1-11 20:52

GCTA学习3 | GCTA的两篇NG:fast-LMM和fast-GLMM

本节,介绍一下官网上面GCTA的功能描述。 1. 最新功能 GCTA在2010年首次释放,现在的版本是1.94.0beta,2021年到现在更新了3次,重要的更新时增加了 fastGWA 、 fastGWA-GLMM ,相关文章发表在NG上。 2. 2019 NG:fast-LMM模型 「2019年的NG,介绍了fast-LMM模型,分析45万个个体,2048个性状,无压力! ...
2022-1-11 20:51
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