育种数据分析之放飞自我

遗传力计算 | 1，随机区组RCBD计算广义遗传力 之前写过几篇博客，介绍植物育种数据中，如何计算广义遗传力，本次博客计划系统的介绍一下。所谓系统，就是包括：数据，代码，结果解读和重演。确保看到即学到，学到能用到。 「系列内容：」 1，随机区组RCBD计算广义遗传力 2，一年多点随机区组计算广义遗传 ...

GWAS和GS分析中，都有一个假定： 「假定至少有一个SNP标记与所控制性状的QTL（基因）处于连锁不平衡状态（LD）」 ，那怎么满足这个条件呢，就需要覆盖全基因组的标记，需要计算群体LD的衰减距离，进而计算进行GWAS分析时所需要的最少SNP的个数。 公式 所需最小标记量基因组大小衰减距离 举例 现在求出 ...

大家好，我是飞哥。 「育种值的准确性是什么呢？为何要计算育种值的准确性呢？」 育种值的准确性的大小可以反应育种值计算的准确性如何，如果准确性高，就说明计算育种值时依赖的信息多（比如亲子关系、同胞关系等），结果就可靠。 ❝ 育种值也可以计算可靠性，它是准确性的平方 ❞ 另外，对于不 ...

大家好，我是飞哥呀。 我们知道，R语言学习，80%的时间都是在清洗数据，而选择合适的数据进行分析和处理也至关重要，如何选择合适的列进行分析，你知道几种方法？ 如何优雅高效的选择合适的列，让我们一起来看一下吧。 1. 数据描述 数据来源是我编写的R包 learnasreml 中的 fm 数据集。 r$library(le ...

。前面的几节中，我们介绍了GCTA计算G矩阵，和单性状遗传力的计算，它本质上就是GBLUP的估计，但是速度快很多。本节我们介绍，两性状遗传力和遗传相关的计算。 1. GCTA计算两性状遗传相关常用参数 1.1 --reml-bivar（必须） 这部分，是使用reml的方法进行估计方差组分。默认的是AI算法，可以使用EM算法。 ...

前面的几节中（请翻看博客之前的博文），我们介绍了GCTA计算G矩阵，本节我们介绍，如果使用GCTA进行遗传力的估计。 1. GCTA计算单性状遗传力常用参数 1.1 --reml（必须） 这部分，是使用reml的方法进行估计方差组分。默认的是AI算法，可以使用EM算法。 1.2 --reml-alg 指定迭代方法（非必须） ...

GCTA计算PCA时，要两步走： 第一步：构建kinship矩阵（有两种方法） 第一种：Yang的方法 --make-grm 0 第二种：Van的方法 --make-grm-alg 1 第二步：PCA计算 1. GCTA构建kinship的方法 使用 --make-grm-alg 进行设置，0位Yang的方法，1位Van的方法。 「Yang的方法：」 GRM = sum{ / }/N ...

GRM矩阵，全称：genetic relationship matrix (GRM)。 GCTA计算GRM有两种方法 默认的Yang，--make-grm-alg 0 Van的方法：--make-grm-alg 1 GCTA计算GRM有两种形式 默认的二进制形式：--make-grm，或者 --make-grm-bin 文本格式（三元组）：--make-grm-gz 1. GCTA计算GRM：二进制 下面这两个命 ...

1. GCTA 说明文档 最新版是2021-06-01更新，共有98页： GCTA说明文档 ：https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/static/gcta_doc_latest.pdf 2. GCTA功能分类 2.1 遗传力、遗传相关、表型预测 GRM：构建亲缘关系矩阵 Inbreeding：计算近交系数 Heritability：估算方差组分和遗 ...

本节，介绍一下官网上面GCTA的功能描述。 1. 最新功能 GCTA在2010年首次释放，现在的版本是1.94.0beta，2021年到现在更新了3次，重要的更新时增加了 fastGWA 、 fastGWA-GLMM ，相关文章发表在NG上。 2. 2019 NG：fast-LMM模型 「2019年的NG，介绍了fast-LMM模型，分析45万个个体，2048个性状，无压力！ ...