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GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第一篇,SNP解释百分比之和为何大于1?
邓飞 2021-12-22 19:51
关于GWAS分析中PVE的计算方法: 我查了一下,大体计算PVE的方法有三种:第一种回归分析或者方差分析的方法,计算R方(GLM模型),第二种是根据effect,se,maf计算PVE,第三种是根据LMM的矩阵构建计算PVE。 汇总如下: 所以准备研究一下。 先看一个常见问题:GWAS分析中,SNP解释百分比(PVE)之和为何大于1? 问题 ...
个人分类: GWAS|875 次阅读|没有评论
GWAS计算BLUE值2--LMM计算BLUE值
邓飞 2021-12-12 10:15
本节,介绍如何使用R语言的lme4包拟合混合线性模型,计算最佳线性无偏估计(blue) 1. 试验数据 ❝ 数据来源: Isik F , Holland J , Maltecca C . Genetic Data Analysis for Plant and Animal Breeding. Springer International Publishing, 2017. ❞ 「数据及代码下载,请关注 ...
个人分类: GWAS|882 次阅读|没有评论
GWAS计算BLUE值1--计算最小二乘均值(lsmeans)
邓飞 2021-12-12 10:14
本节,介绍如何使用R语言的lm拟合一般线性模型,计算最小二乘均值(lsmeans) 1. 试验数据 ❝ 数据来源: Isik F , Holland J , Maltecca C . Genetic Data Analysis for Plant and Animal Breeding. Springer International Publishing, 2017. ❞ 「数据及代码下载,请关注公众 ...
个人分类: GWAS|1064 次阅读|没有评论
使用TASSEL学习GWAS笔记(4/6):一般线性模型进行GWAS分析(GLM模型)
邓飞 2021-8-22 17:31
外面下着雨, 笔记计划分为六篇: 第一篇:读取plink基因型数据和表型数据 第二篇:对基因型数据质控:缺失质控,maf质控,hwe质控,样本质控 第三篇:基因型数据可视化:kingship,LD,MDS,PCA 第四篇:一般线性模型进行GWAS分析(GLM模型) 第五篇:混合线性模型进行GWAS分析(MLM模型) 第六篇:T ...
个人分类: GWAS|2376 次阅读|没有评论
如何高效学习GWAS分析
邓飞 2021-8-2 21:13
大家好,我是飞哥,今天随便聊聊关于高效学习一个新事物。 工作了一天,开了半天的会,敲了半天的代码,典型的周一呀! 话说前几天我的公众号关注人数超过了一万,非常感谢大家的支持。我之前分享了一篇GWAS的电子书,阅读量超过了1万,历史最高。这个1万,那个1万,感觉比2万的金钱对我的激励更大。 其实,GWAS分析 ...
个人分类: GWAS|2052 次阅读|没有评论
使用TASSEL学习GWAS笔记(3/6):基因型数据可视化:kingship,PCA,MDS
邓飞 2021-7-25 19:29
第三篇:基因型数据可视化:kingship,LD,MDS,PCA 笔记计划分为六篇: 第一篇:读取plink基因型数据和表型数据 第二篇:对基因型数据质控:缺失质控,maf质控,hwe质控,样本质控 第三篇:基因型数据可视化:kingship,LD,MDS,PCA 第四篇:一般线性模型进行GWAS分析(GLM模型) 第五篇:混合线 ...
个人分类: GWAS|2008 次阅读|没有评论
使用TASSEL学习GWAS笔记(2/6):对基因型数据进行质控及导出基因型
邓飞 2021-7-25 19:28
使用TASSEL学习GWAS笔记(2/6):对基因型数据进行质控及导出基因型 昨天,我介绍了TASSEL的安装和读取plink基因型数据, 使用TASSEL学习GWAS笔记(1/6):读取plink基因型数据和表型数据 这里,我们查看一下基因型数据导入后,如何对数据进行质控。 1. 导入后的基因型文件 导入后的基因型数据: 2. 对基 ...
个人分类: GWAS|1962 次阅读|没有评论
使用TASSEL学习GWAS笔记(1/6):读取plink基因型数据和表型数据
邓飞 2021-7-25 19:27
使用TASSEL学习GWAS笔记(1/6):读取plink基因型数据和表型数据 今天整理一下TASSEL操作GWAS的笔记。 笔记计划分为四篇: 第一篇:读取plink基因型数据和表型数据 第二篇:对基因型数据质控:缺失质控,maf质控,hwe质控,样本质控 第三篇:基因型数据可视化:kingship,LD,MDS 第四篇:一般线性模型进行 ...
个人分类: GWAS|2064 次阅读|没有评论

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