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基因型数据012及-1,0,1计算基因频率: 邓飞 2018-12-17 20:30; G矩阵计算时, 有不同的编码形式, 我们看一下计算的区别. 第一种方法按照012, 即AA是0, 表示major基因, 1 表示杂合, 2表示aa(minor). 第二种方法按照-1, 0, 1, 即-1是AA, 表示major基因型, 0表示杂合, 1表示aa(minor). 下面我们模拟一下数据, 看一下两者计算的区别. 数据 dat=data.frame(snpid& ...; 个人分类: 数量遗传学|8069 次阅读|没有评论

2-数量遗传学课程介绍: 邓飞 2018-12-13 19:12; 1, 课程的目的 http://animalbiosciences.uoguelph.ca/~lrs/ABModels/NOTES/INTRO.pdf 这个课程的主要目的, 是使用线性模型分析畜牧育种数据的遗传评估 2, 课程的结构这个课程比较简单, 主要是介绍数量遗传的骨架, 相关的问题以及解决方法会通过示例和代码的形式予以展示, 代码使用的是R语言. 课后还有一些联系, ...; 个人分类: 数量遗传学|3475 次阅读|没有评论

为什么要学习数量遗传学--序言: 邓飞 2018-12-8 11:56; ## 自序昨天公司以张沅老师编写的《家畜育种学》为教材，从老总到销售讲解了各自学习的心得体会，以及各种知识点，我想这应该是扎根产业最鲜明的决心了。理解客户，然后服务客户。这个自序我想从两句名言开始： 1，学然后知不足，教然后知困原文是：《礼记·学记》原文：虽有嘉肴，弗食，不知其旨也；虽有至 ...; 个人分类: 数量遗传学|4288 次阅读|没有评论

育种中一般配合力和特殊配合力的计算方法: 邓飞 2018-12-5 21:37; 研究生期间，学习数量遗传学时，对配合力的概念感到很神奇，曾经和同学讨论过，按道理说曹操的一般配合力很高，几个孩子都很出色。那么问题来了，什么是一般配合力？一般配合力就是可以稳定遗传的因素，即曹操和不同女性生育的孩子，都很出色，这表明这种出色不因为不同女性的差异而变化，说明这种出色是遗传自父亲， ...; 个人分类: 数量遗传学|12089 次阅读|没有评论

DMU软件语法高亮 vim设置--学习笔记6: 邓飞 2018-11-27 21:15; 用vim编程时, DMU的关键词没有语法高亮, 看着不舒服, 就进行一下设置, 并记录过程. 设置的效果如下设置流程本次设置的比较简单, 将关键词分为: 模型model, 比如DMU1, DMU2… 不同组成part, 比如DATA, VARIATE, MODEL… 不同结构类型type, 比如PED, COR…. 新建DIR.vim文件, 里面设置相关 ...; 个人分类: 数量遗传学|2210 次阅读|没有评论

DMU-单性状动物模型-母体效应--学习笔记5: 邓飞 2018-11-21 19:04; 单性状动物模型-母体效应本次主要是演示如何使用DMU分析单性状动物模型-母体效应. 数据使用learnasreml包中的数据 learnasreml是我编写的辅助学习asreml的R包, 里面有相关的数据和代码, 这里我们用其中的animalmodel.dat和animalmodel.ped的数据. 如果没有软件包, 首先安装: setwd(d:/dmu-test/) library ...; 个人分类: 数量遗传学|2775 次阅读|没有评论

DMU-多性状动物模型-学习笔记4: 邓飞 2018-11-19 20:49; 多性状动物模型本次主要是演示如何使用DMU分析多性状动物模型. 数据使用learnasreml包中的数据 learnasreml是我编写的辅助学习asreml的R包, 里面有相关的数据和代码, 这里我们用其中的animalmodel.dat和animalmodel.ped的数据. 如果没有软件包, 首先安装: setwd(d:/dmu-test/) library(devtools) # inst ...; 个人分类: 数量遗传学|3290 次阅读|没有评论

DMU-单性状重复力模型-学习笔记3: 热度 1 邓飞 2018-11-18 18:12; 单性状重复力模型本次主要是演示如何使用DMU分析单性状重复力模型. 重复力模型和动物模型的区别: 不是所有的性状都可以分析重复力模型, 首先重复力模型是动物模型的拓展, 它适合一个个体多个观测值的情况. 比如猪的产仔数, 一个母猪有多个胎次比如鸡的产蛋, 不同时间段, 鸡都有产蛋量牛的产奶量, 不同的测 ...; 个人分类: 数量遗传学|5979 次阅读|3 个评论热度 1

DMU-个体动物模型-学习笔记2: 热度 2 邓飞 2018-11-14 19:02; 单性状动物模型本次主要是演示如何使用DMU分析单性状动物模型. 数据使用learnasreml包中的数据 learnasreml是我编写的辅助学习asreml的R包, 里面有相关的数据和代码, 这里我们用其中的animalmodel.dat和animalmodel.ped的数据. 如果没有软件包, 首先安装: library(devtools) install_github(dengfei2013/learn ...; 个人分类: 数量遗传学|3606 次阅读|5 个评论热度 2

DMU-遗传参数评估-学习笔记1: 邓飞 2018-11-11 20:56; DMU软件介绍 DMU是一个数量遗传学工具包，主要功能包括估计方差组分和固定效应，预测育种值。在丹麦动物育种研究中，DMU是一个主要的统计研究工具（估计和预测）。此外，DMU也应用于丹麦牛，羊，貂和马等常规遗传评估研究。“DMU”名称最初来自于程序包中用来进行初始化的过程名字缩写。这些过程利用约束最大似然法（REML ...; 个人分类: 数量遗传学|8311 次阅读|没有评论

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