GCTA PCA分析以及软件安装教程

热度 1 邓飞 2019-4-27 18:51

软件介绍系列 1. GCTA介绍 在群体遗传中，GCTA中做PCA非常方便, 下面介绍一下GCTA的安装方法. 2. 安装命令 使用conda自动安装 condainstall-cbiobuildsgcta 手动安装 官方地址 说明文档 3. 安装成功测试 这里, 应该键入 gcta64 , 而不是 gcta (base) $gcta64 ...

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Admixture使用说明文档cookbook

热度 2 邓飞 2019-4-25 21:15

软件介绍 基因组选择中， 有时候测量了很多家系，如果想看一下这些家系的分类情况，可以使用软件对其进行分群。一般使用的软件就是STRUCTURE，但是STREUTURE运行速度极慢，admixture凭借其运算速度，成为了主流的分析软件。下面介绍一下admixture的使用方法。 官方网址 Admixture http://software.genetics.ucla.e ...

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一步法中混合线性模型方程组构建和控制--blupf90

邓飞 2019-4-12 18:54

参考文献 http://nce.ads.uga.edu/wiki/lib/exe/fetch.php?media=singlestepblupf90.pdf 1，ABLUP VS SSGBLUP 传统ABLUP与SSGBLUP的区别在于，原来的A逆矩阵变为了H逆矩阵 传统的动物模型计算BLUP值 根据系谱计算A矩阵，然后使用Henderson方程组计算BLUP（EBV值） SSGBLUP计算BLUP值 2，BLUPF90怎么 ...

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测定日模型及随机模型介绍

邓飞 2019-4-8 18:17

1. 概念区分 1.1 测定日模型(Test-day-model)与随机回归模型(Random-regression-model)的区别 测定日模型主要是分析奶牛在不同测定日产奶性状的模型 随机回归模型, 主要是分析一个个体有多个观测值的数据, 即纵向数据(longitudinal data)或者称为面板数据(panel data) 测定日模型是随机模型的一种类型 1.2 动物育 ...

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DMU 遗传参数评估 cookbook(pdf)

邓飞 2019-4-8 09:37

之前在 公众号 写了一些DMU的教程, 现在将内容整理为pdf: 大纲: 目录 公众号后台: 回复 DMU, 获取下载链接. 公众号ID: R-breeding ​

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全基因组选择介绍及实践-2：构建H矩阵

邓飞 2019-3-2 11:58

1, 编者自语 H矩阵作为一步法的入门技术, 是需要掌握的, 本文以一篇文献为例, 介绍如何从头构建H矩阵. 文章包括H矩阵推导过程和代码实现. 2, H矩阵定义 基因组选择中, GBLUP的一个挑战是, 在参考群构建时, 需要两步, 第一步根据系谱和表型数据, 计算出伪数据(pseudo-data)(比如, 根据系谱计算公牛的女儿产奶偏差作为表 ...

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全基因组选择介绍及实践-1

邓飞 2019-3-2 11:57

1, 序言 这篇是基因组选择的理论加实践，因为我看到一句话，Talk is cheap. Show me the code，很有感触，有感而写。使用的包是R的sommer和asreml，其实强健的还是成熟的软件，比如DMU，BLUPF90，PIBLUP，ASreml等，但sommer作为基本功能的演示，非常合适。 2, 定义 基因组选择(Genomic Selection, GS), 利用覆盖全基 ...

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单性状动物模型矩阵形式计算BLUP值

邓飞 2018-12-21 20:49

段子: 同事去大骨头, 吃过之后进行了抽奖, 然后向我炫耀, 看我抽到了一个小猪佩奇. 照片如下: 我看过之后, 冷静的说, 首先, 我们去吃饭, 奖品都是送的, 不需要抽奖的. 其次, 这是乔治, 不是佩奇. 1, 数据 这次使用一个PPT里面的数据,用R语言演示一下如何做BLUP值计算. 下面是生成数据的代码 Chang& ...

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