关于分群的软件,之前写了 structure 2.3.4 软件使用指南 ,软件虽然有windows版本,但是操作太麻烦了,也写了 Admixture使用说明文档cookbook ,但是只有Linux版本,使用起来有难度。难道不能使用R语言进行structure绘图么?结果来了:LEA! 1. paper LEA: An R package for landscape and ecological assoc ...
模拟一套数据, 5个世代, 最后三代有基因型数据, 每个世代400个个体, SNP为50K 1. blupf90构建G矩阵的PCA blupf90如果想要进行GBLUP分析, 不写系谱信息即可, 示例par文件: DATAFILE dat_f90.txt TRAITS 10 # This is column 10 (phenotype) from QMSim data file FIELDS_PASSED TO OU ...