GWAS分析中：为何有些SNP效应值大却不显著？

邓飞 2020-9-16 22:17

之前的GWAS分析中，我查看结果时有过这个疑问，随着不断的学习理解，我已经知道了为什么，这里将我思考的结果分享一下。 1. 错误的理解 某一个SNP，效应值（Effect）越大，就越显著？？？ 「事实上：」 效应值和显著性是两码事！ 2. 用代码说话 GWAS分析中，最简单的就是一般线性模型（GLM），而GLM模 ...

个人分类: 农学统计|5226 次阅读|没有评论

R语言计算玉米测交试验的配合力

邓飞 2020-9-15 20:52

1. 玉米测交试验 可以认为，玉米侧交试验，是一个NCII的试验，在玉米实际的育种中，由于其测用结合的特性，应用广泛。 试验设计如下： 骨干系：4个 待测系：7个 重复：2次 观测值：产量 「计算目的：」 1 计算待测系的一般配合力（选择最优品系） 2 计算待测系和骨干系的特殊配合力（选出最优组合） ...

个人分类: 农学统计|3578 次阅读|没有评论

R语音读取txt报错：UTF-16不支持 或者<ff><fe><63>\'多字节字符串有错

邓飞 2020-9-14 22:00

1. 问题描述 一个txt文件，使用R中的 data.table 包中的 fread 函数读取时，报错： dat=fread( test.txt ) Error in fread( test.txt ): Fileisencoded in UTF-16,thisencodingisnot& ...

个人分类: R语言|8157 次阅读|没有评论

线性混合模型学习笔记2：公式解释

邓飞 2020-9-12 10:11

上一章节中(http://blog.sciencenet.cn/blog-2577109-1195363.html)，我们介绍了混合线性模型中的模型假定，这一章节，用一个动物育种的示例，介绍固定因子，随机因子以及相关矩阵的推导，明确什么是G矩阵，什么是R矩阵，以及他们和方差组分的关系。直和和直积也是重要的概念，特别是多个随机因子以及随机因子有互作时， ...

个人分类: 数量遗传学|6992 次阅读|没有评论

为什么体型比星座更能影响性格？

邓飞 2019-10-26 22:03

1. 体型分为哪几种？ 这个有很多流派，介绍一下克雷奇米的理论，把体型分为四种： 每个体型包括性格特征和易患病症。 矮胖型，具有狂躁气质，高血压，高血糖 瘦高型，具有分裂气质，精神分裂，自我封闭 强壮型，具有黏着气质，冲动，癫痫症 发育异常型，抑郁气质，抑郁症 换句话说，胖子十有八 ...

个人分类: 数量遗传学|2999 次阅读|没有评论

为什么相爱的人不能在一起？

邓飞 2019-10-24 08:06

一个两天的bug，终于解决了，竟然是很基础的bug，花费了我两天时间，不免感叹：为什么相爱的人不能在一起。 事情是这个样子的： 最近测试一个R包 breedR 的动物模型的功能，用了它的测试数据： 1 library(breedR) 2 data( globulus ) 3 ped-globul ...

个人分类: 农学统计|2201 次阅读|没有评论

linux 弹出U盘: 目标忙 解决方案

邓飞 2019-10-16 07:58

在linux 系统中弹出U盘，报错，显示目标忙的解放方案： 1. 查看挂载点 df -h # df -h 文件系统 容量 已用 可用 已用% 挂载点 /dev/mapper/centos-root 50G 16G 35G 31% / /dev/sdc1 &nbs ...

个人分类: 便捷操作|6110 次阅读|没有评论

读文献：全基因组选择模型进展及展望

邓飞 2019-10-15 08:24

令人击节的一段话： 随着全基因组选择统计模型的不断改进优化，模型的稳定性及准确性不断提高，但是依然面临两个重要的挑战，即计算准确性和计算效率；直接法(GBLUP为代表)计算效率较高，但是计算准确性略差于间接法(BayesB为代表)，虽然学者对直接法进行了改进，但是由于改进的策略中人为设定参数较多，因此模型的预 ...

个人分类: 文献解析|7289 次阅读|没有评论

GBS hapmap 格式 转化为Plink格式：tassel vcftools方法汇总

邓飞 2019-7-31 20:22

1. 参考资料 https://zhuanlan.zhihu.com/p/38590403 环境：linux系统 2. 安装软件 首先，要安装 anaconda 或者 miniconda ，然后使用 conda install 进行软件安装, 安装conda方法： https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux/ 2.1 安装tassel git clone https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel ...

个人分类: 农学统计|7329 次阅读|没有评论

本页有 1 篇博文因作者的隐私设置或未通过审核而隐藏