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TASSEL的MLM模型构建的kinship矩阵相关知识: 邓飞 2021-12-15 19:25; 今天，看一下TASSEL的MLM模型构建的kinship矩阵是如何计算的？ 1. 导入基因型数据「数据及代码下载，请关注公众号：育种数据分析之放飞自我，进入知识星球进行相关下载和学习」这里导入vcf格式的数据： 2. 导入表型数据和协变量「表型数据：」「协变量文件：」 3. 构建kinship矩阵 ...; 个人分类: 农学统计|2614 次阅读|没有评论

GWAS计算BLUE值4--联合方差分析演示: 邓飞 2021-12-14 21:47; 本篇，用书籍中的数据和结论，用R语言的一般线性模型和混合线性模型，做一下一年多点的联合方差分析的演示。 1. 参考书籍《农业试验设计与统计分析》这本书是压箱底的好书，里面是用最原始的方式（公式推导和分解）介绍农业试验设计与统计分析相关的知识点，这次使用第九章多点试验结果的联合分析，第一节，一 ...; 个人分类: 农学统计|2171 次阅读|没有评论

GWAS计算BLUE值3--LMM考虑残差异质计算BLUE值: 邓飞 2021-12-13 20:29; 本节，介绍如何使用R语言的asreml包拟合混合线性模型，定义残差异质，计算最佳线性无偏估计（blue） 1. 试验数据 ❝ 数据来源： Isik F , Holland J , Maltecca C . Genetic Data Analysis for Plant and Animal Breeding. Springer International Publishing, 2017. ❞ 「数据及 ...; 个人分类: 农学统计|1633 次阅读|没有评论

GWAS计算BLUE值2--LMM计算BLUE值: 邓飞 2021-12-12 10:15; 本节，介绍如何使用R语言的lme4包拟合混合线性模型，计算最佳线性无偏估计（blue） 1. 试验数据 ❝ 数据来源： Isik F , Holland J , Maltecca C . Genetic Data Analysis for Plant and Animal Breeding. Springer International Publishing, 2017. ❞ 「数据及代码下载，请关注 ...; 个人分类: GWAS|1830 次阅读|没有评论

GWAS计算BLUE值1--计算最小二乘均值（lsmeans）: 邓飞 2021-12-12 10:14; 本节，介绍如何使用R语言的lm拟合一般线性模型，计算最小二乘均值（lsmeans） 1. 试验数据 ❝ 数据来源： Isik F , Holland J , Maltecca C . Genetic Data Analysis for Plant and Animal Breeding. Springer International Publishing, 2017. ❞ 「数据及代码下载，请关注公众 ...; 个人分类: GWAS|2725 次阅读|没有评论

孟德尔抽样误差和基因组选择: 邓飞 2021-10-26 20:27; 先说一个现象：一龙生九子，九子各不同。是什么原因造成的？ ❝ 龙生九子，汉语成语，读音是lóng shēng jiǔ zǐ，意思是多用来比喻同胞兄弟的各有所长，出自《玉芝堂谈荟·龙生九子》。 ----百度百科 ❞ 传统遗传学的理由：基因重组数量遗传学的理由：孟德尔抽样所以，什么是 ...; 个人分类: 数量遗传学|2087 次阅读|没有评论

使用TASSEL学习GWAS笔记（4/6）：一般线性模型进行GWAS分析（GLM模型）: 邓飞 2021-8-22 17:31; 外面下着雨，笔记计划分为六篇：第一篇：读取plink基因型数据和表型数据第二篇：对基因型数据质控：缺失质控，maf质控，hwe质控，样本质控第三篇：基因型数据可视化：kingship，LD，MDS，PCA 第四篇：一般线性模型进行GWAS分析（GLM模型）第五篇：混合线性模型进行GWAS分析（MLM模型）第六篇：T ...; 个人分类: GWAS|4948 次阅读|没有评论

关于Linux的grep命令总结笔记: 邓飞 2021-8-5 20:41; ❝ 今天，我以为我发现了Linux的grep的bug，最后竟然发现是windows和linux系统的换行符不一样，知道真相的我留下了不学无术的眼泪。 ❞ 事情是这个样子的：今天，我像往常一样提取基因组的样本，我有一堆样本的ID，需要从所有的基因型的文件中提取出来。以前我都是使用R语言，将基因型数据读进去， ...; 个人分类: 农学统计|6065 次阅读|没有评论

如何高效学习GWAS分析: 邓飞 2021-8-2 21:13; 大家好，我是飞哥，今天随便聊聊关于高效学习一个新事物。工作了一天，开了半天的会，敲了半天的代码，典型的周一呀！话说前几天我的公众号关注人数超过了一万，非常感谢大家的支持。我之前分享了一篇GWAS的电子书，阅读量超过了1万，历史最高。这个1万，那个1万，感觉比2万的金钱对我的激励更大。其实，GWAS分析 ...; 个人分类: GWAS|4190 次阅读|没有评论

R语言操作文件与文件夹总结笔记: 邓飞 2021-7-27 20:48; 有时候，编写代码时，需要查看一下当前文件夹的内容，有时候需要创建文件或者文件夹，之前都是在windows系统或者Linux系统下创建好，但总不够原滋原味。这里，总结一下常用的文件创建，文件夹创建，判断是否存在，文件复制，文件删除等操作。「太长不看版：」 ##浏览功能 dir#浏览整体文件及文件 ...; 个人分类: 农学统计|6334 次阅读|没有评论

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