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GCTA学习4 | GCTA说明文档--功能分类及常见问题: 邓飞 2022-1-11 20:52; 1. GCTA 说明文档最新版是2021-06-01更新，共有98页： GCTA说明文档：https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/static/gcta_doc_latest.pdf 2. GCTA功能分类 2.1 遗传力、遗传相关、表型预测 GRM：构建亲缘关系矩阵 Inbreeding：计算近交系数 Heritability：估算方差组分和遗 ...; 个人分类: 农学统计|4023 次阅读|没有评论

GCTA学习3 | GCTA的两篇NG：fast-LMM和fast-GLMM: 邓飞 2022-1-11 20:51; 本节，介绍一下官网上面GCTA的功能描述。 1. 最新功能 GCTA在2010年首次释放，现在的版本是1.94.0beta，2021年到现在更新了3次，重要的更新时增加了 fastGWA 、 fastGWA-GLMM ，相关文章发表在NG上。 2. 2019 NG：fast-LMM模型「2019年的NG，介绍了fast-LMM模型，分析45万个个体，2048个性状，无压力！ ...; 个人分类: 农学统计|2550 次阅读|没有评论

GCTA学习2 | 软件下载安装--windows和Linux: 邓飞 2022-1-7 21:14; 本篇，介绍GCTA这个软件的安装。 1. 安装包 GCTA官网：https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/#Download 这个软件是开源的，源码在github上：https://github.com/jianyangqt/gcta 2. Linux安装测试 2.1 下载在终端中运行下面命令： wgethttps://yanglab.westlake.edu.cn/ ...; 个人分类: GWAS|3332 次阅读|没有评论

GCTA学习1 | 抛砖引玉--初步介绍: 邓飞 2022-1-7 21:13; 康德说：世界上只有两样东西是值得我们深深景仰的，一个是我们头上的灿烂星空，另一个是我们内心的崇高道德法则。论起软件，也有两款软件，让我学习的过程中，不断的有所收获，不断的感慨功能的强大，一个是plink，另外一个是GCTA。本篇介绍，是2020年的博客，里面的内容有些老了，最近，GCTA又增加了GWAS的模块fast ...; 个人分类: GWAS|2846 次阅读|没有评论

R语言箱线图添加显著性--不同水平实现方法: 邓飞 2021-12-29 21:25; 本节，介绍一下箱线图实现显著性添加的方法，类似这种：「单因素二水平T检验箱线图可视化」「单因素三水平T检验箱线图可视化」「单因素三水平柱形图」「单因素三水平折线图」「二因素柱形图」「二因素折线图」 1. 单因素二水平这种试验，比如有两个品种，株高的差异，每个品种调查 ...; 个人分类: GWAS|8628 次阅读|没有评论

R语言相关性分析和相关性分析可视化常用方法汇总: 邓飞 2021-12-28 19:31; 本次，介绍一下相关性分析以及相关性分析可视化常用方法。 0. 相关数据 library(learnasreml) library(tidyverse) data(fm) str(fm) dd=fm%%select(-c(1:5)) head(dd) 1. 相关性分析 1.1 R语言默认函数 cor cor(dd) 这里，原始数据中有缺失值，所以有NA， ...; 个人分类: R语言|10958 次阅读|没有评论

GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第四篇，MLM模型中如何手动计算PVE？: 邓飞 2021-12-25 12:25; 「系列部分：」 GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第一篇，SNP解释百分比之和为何大于1？ GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第二篇，GLM模型中如何计算PVE？ GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第三篇，MLM模型中如何计算PVE？今天介绍一下如何手动计算MLM模型GWAS的PVE结果。因为GAPIT中的MLM模型又PVE结果，但是常用 ...; 个人分类: GWAS|3841 次阅读|没有评论

GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第三篇，MLM模型中如何计算PVE？: 邓飞 2021-12-24 19:44; 之前，想研究一下GWAS分析汇中PVE（表型方差解释百分比）的计算方法，写了两篇： GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第一篇，SNP解释百分比之和为何大于1？ GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第二篇，GLM模型中如何计算PVE？这里介绍第三篇：混合线性模型的GWAS，如何计算PVE。 1. R语言计算的PVE能否用于MLM模型？ ...; 个人分类: GWAS|3525 次阅读|没有评论

GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第二篇，GLM模型中如何计算PVE？: 邓飞 2021-12-22 21:01; 上一篇，介绍了一下显著性的SNP，他们的解释表型变异百分比（PVE）之和，为何可能大于1. https://yijiaobani.blog.csdn.net/article/details/122093602 这篇我们介绍一下GLM模型中，PVE的计算方法。 1. 数据描述协变量是PCA的前三个，数据具体如下：「表型数据：」 16411641153.973423 16 ...; 个人分类: GWAS|3858 次阅读|没有评论

GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第一篇，SNP解释百分比之和为何大于1？: 邓飞 2021-12-22 19:51; 关于GWAS分析中PVE的计算方法：我查了一下，大体计算PVE的方法有三种：第一种回归分析或者方差分析的方法，计算R方（GLM模型），第二种是根据effect，se，maf计算PVE，第三种是根据LMM的矩阵构建计算PVE。汇总如下：所以准备研究一下。先看一个常见问题：GWAS分析中，SNP解释百分比（PVE）之和为何大于1？问题 ...; 个人分类: GWAS|2410 次阅读|没有评论

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