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MiXBLUP说明文档目录-翻译: 邓飞 2018-8-18 14:00; MiXBLUP说明文档目录-翻译 MiXBLUP官网: http://www.mixblup.eu/ MiXBLUP，一款操作友好的软件，准备针对大量基因组数据评估使用 V2.1——2017——08月目录 1，介绍 1.1，总览 1.2，操作说明 1.3，系统要求 2，怎么开始 2.1，安装MiXBLUP软件 2.2，MiXBLUP的licenses 2.3，怎么生成License 3，基础文件 ...; 个人分类: 数量遗传学|3030 次阅读|没有评论

聚类分析---R语言: 邓飞 2018-8-8 20:42; 1，原始数据，是矩阵，有行头和列名： 2，amap包的聚类分析： library(amap) clu - hclusterpar(matx) plot(clu,sub=,hang = -1,xlab = NA,ylab = NA,main = NA) 用法： hcluster(x, method = “euclidean”, diag = FALSE, upper = FALSE, link = “complete”, memb ...; 个人分类: R语言|3480 次阅读|没有评论

安装JuliaPro 并配置VS code: 邓飞 2018-8-5 20:34; 学习Julia，建议下载JuliaPro，这个安装包有700Mb左右，里面包含了常用的包，不用自己下载常用的软件包了。 JuliaPro下载 https://juliacomputing.com/products 参考资料： https://github.com/JuliaEditorSupport/julia-vscode 我的默认安装路径，在C盘设置JuliaPro的库默认路径 Pkg.init() 结果 ...; 个人分类: Python和Julia学习|11535 次阅读|没有评论

全基因组选择中如何构建G矩阵: 邓飞 2018-7-29 13:15; 参考文献： Vanraden P M. Efficient methods to compute genomic predictions. . Journal of Dairy Science, 2008, 91(11):4414-4423. Forni S, Aguilar I, Misztal I. Different genomic relationship matrices for single-step analysis using phenotypic, pedigree and genomic information. . Genetics, selection ...; 个人分类: 数量遗传学|7618 次阅读|没有评论

如何利用RStudio开发R包，并使用git同步到github中（How to）: 邓飞 2018-7-29 13:02; 如何利用RStudio开发R包，并使用git同步到github中（How to）作者按：之前有过笔记，这次重新整理一下。只有以分享为目的的笔记，才会写的系统一点。之前的笔记，大半是自言自语，过一段时间，就忘记了当时的语境，也分不清自己到底说了什么。写作是锻炼思维的，一个人只有写的清楚，才能够想清楚，否则只是一时感悟 ...; 个人分类: R语言|5770 次阅读|没有评论

全基因组选择中的R包: 邓飞 2018-7-8 10:59; 全基因组选择中的R包心血来潮，收集了全基因组选择中涉及的R包，有些是我经常使用的，有些是从CRAN的介绍中找出来的，这些包都和GS相关。先立个Flag，我会将这些包逐一介绍相关使用说明及注意事项。 rrBLUP rrBLUP Software for genomic prediction with the RR-BLUP mixed model (Endelman 2011, (https://do ...; 个人分类: 数量遗传学|7409 次阅读|没有评论

QMSim 基因组数据模拟软件: 热度 1 邓飞 2018-7-3 20:38; QMSim 基因组数据模拟软件概述连锁不平衡（LD）和连锁分析已被广泛用于人类和家畜的数量性状位点（QTL）的定位。由于基因分型技术的发展，高密度的分子标记图谱可以应用于数种动物。然后，即使基因分型成本大幅下降，大规模的全基因组关联研究仍然是昂贵的。模拟数据是一个非常有价值的工具，用于评估和验证新提出 ...; 个人分类: 数量遗传学|7601 次阅读|2 个评论热度 1

全基因组选择中G矩阵和H矩阵构建时的计算效率问题的研究: 邓飞 2018-7-2 20:25; 全基因组选择中G矩阵和H矩阵构建时的计算效率问题的研究摘要全基因组选择，可以将表型数据、基因型数据和系谱数据整合起来，计算中需要对亲缘关系矩阵A和基因组亲缘关系矩阵G进行求逆。这篇文章利用模拟数据，研究不同算法对不同数据量的计算效率的问题。分子数据：模拟的40k芯片数据测序个体：30,000个个体计算 ...; 个人分类: 数量遗传学|4408 次阅读|没有评论

动物育种中配合力的计算方法: 邓飞 2018-6-30 18:52; 第一篇： Adenaike A S, Osisanya T O, Ogunsola O D, et al. Combining Ability and Inheritance of Growth Traits in Rabbits . Journal of Biology Agriculture Healthcare, 2013. 三个兔子品种，进行双列杂交（无自交，有正反交），共6个组合，测量子代的性状，评价三个兔子品种的一般配合力和特殊配合力。 ...; 个人分类: 数量遗传学|5309 次阅读|没有评论

Context 修改文件后自动保存不提示保存: 邓飞 2018-6-28 22:04; Context，运行asreml软特别方便但是运行程序是，文件改变，提醒文件更改，挺繁琐，可以设置为自动保存，不用手动每一次点击：设置方法：点击Option，选择Environment Options 选择Automatically update changed files 点击OK 设置成功！; 个人分类: 数量遗传学|1790 次阅读|没有评论

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