DMU-单性状动物模型-母体效应--学习笔记5

邓飞 2018-11-21 19:04

单性状动物模型-母体效应 本次主要是演示如何使用DMU分析单性状动物模型-母体效应. 数据使用learnasreml包中的数据 learnasreml是我编写的辅助学习asreml的R包, 里面有相关的数据和代码, 这里我们用其中的animalmodel.dat和animalmodel.ped的数据. 如果没有软件包, 首先安装: setwd(d:/dmu-test/) library ...

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DMU-多性状动物模型-学习笔记4

邓飞 2018-11-19 20:49

多性状动物模型 本次主要是演示如何使用DMU分析多性状动物模型. 数据使用learnasreml包中的数据 learnasreml是我编写的辅助学习asreml的R包, 里面有相关的数据和代码, 这里我们用其中的animalmodel.dat和animalmodel.ped的数据. 如果没有软件包, 首先安装: setwd(d:/dmu-test/) library(devtools) # inst ...

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DMU-单性状重复力模型-学习笔记3

热度 1 邓飞 2018-11-18 18:12

单性状重复力模型 本次主要是演示如何使用DMU分析单性状重复力模型. 重复力模型和动物模型的区别: 不是所有的性状都可以分析重复力模型, 首先重复力模型是动物模型的拓展, 它适合一个个体多个观测值的情况. 比如猪的产仔数, 一个母猪有多个胎次 比如鸡的产蛋, 不同时间段, 鸡都有产蛋量 牛的产奶量, 不同的测 ...

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Python学生物统计-数据可视化-学习笔记5

邓飞 2018-11-17 09:49

5.1 作图的重要性 在分析一个数据之前, 我们首先要对数据进行检查, 在统计上看一下汇总统计, 比如最大值, 最小值, 中位数, 平均值, 方差, 标准差, 变异系数等等. 直方图, 看一下数据的分布情况 箱线图, 看一下数据的分布, 有无异常值 所谓一图胜千言. python中的作图工具 plot.ly bokeh是交互式的包 ...

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DMU-个体动物模型-学习笔记2

热度 2 邓飞 2018-11-14 19:02

单性状动物模型 本次主要是演示如何使用DMU分析单性状动物模型. 数据使用learnasreml包中的数据 learnasreml是我编写的辅助学习asreml的R包, 里面有相关的数据和代码, 这里我们用其中的animalmodel.dat和animalmodel.ped的数据. 如果没有软件包, 首先安装: library(devtools) install_github(dengfei2013/learn ...

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DMU-遗传参数评估-学习笔记1

邓飞 2018-11-11 20:56

DMU软件介绍 DMU是一个数量遗传学工具包，主要功能包括估计方差组分和固定效应，预测育种值。在丹麦动物育种研究中，DMU是一个主要的统计研究工具（估计和预测）。此外，DMU也应用于丹麦牛，羊，貂和马等常规遗传评估研究。“DMU”名称最初来自于程序包中用来进行初始化的过程名字缩写。这些过程利用约束最大似然法（REML ...

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JWAS: 基于Julia开发的一款基于贝叶斯的GWAS和GS软件

邓飞 2018-11-6 18:58

小编寄语 现在动植物遗传评估领域, 还是Fortran的天下, 相信未来Julia可以在全基因组选择领域中占得一席. Julia是一个神奇的语言, 据说是速度非常快, 也非常友好的语言. 它从编译型语言C, C++以及Fortran中借鉴了速度, 从动态语言比如R和Python借鉴了友好. Julia是下一代的数据科学语言. 前途十分光明. JWAS是依据Jul ...

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如何对数据进行汇总统计(R语言)

邓飞 2018-10-30 21:11

1 模拟数据 这里模拟了4个因子,5个观测值的数据框, 主要介绍了一下几种方法的汇总统计: 1, 单变量~单因子,单个个统计量, 这里使用平均数mean 2 单变量~单因子,多个个统计量, 这里使用自定义的函数func 3 单变量 ~ 多因子, 单个个统计量 4 多变量~单因子 5 多变量~多因子 1.1 模拟数据代码 dat = data.frame( ...

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