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热搜: 科学 论文
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使用TASSEL学习GWAS笔记(3/6):基因型数据可视化:kingship,PCA,MDS
邓飞 2021-7-25 19:29
第三篇:基因型数据可视化:kingship,LD,MDS,PCA 笔记计划分为六篇: 第一篇:读取plink基因型数据和表型数据 第二篇:对基因型数据质控:缺失质控,maf质控,hwe质控,样本质控 第三篇:基因型数据可视化:kingship,LD,MDS,PCA 第四篇:一般线性模型进行GWAS分析(GLM模型) 第五篇:混合线 ...
个人分类: GWAS|187 次阅读|没有评论
使用TASSEL学习GWAS笔记(2/6):对基因型数据进行质控及导出基因型
邓飞 2021-7-25 19:28
使用TASSEL学习GWAS笔记(2/6):对基因型数据进行质控及导出基因型 昨天,我介绍了TASSEL的安装和读取plink基因型数据, 使用TASSEL学习GWAS笔记(1/6):读取plink基因型数据和表型数据 这里,我们查看一下基因型数据导入后,如何对数据进行质控。 1. 导入后的基因型文件 导入后的基因型数据: 2. 对基 ...
个人分类: GWAS|141 次阅读|没有评论
使用TASSEL学习GWAS笔记(1/6):读取plink基因型数据和表型数据
邓飞 2021-7-25 19:27
使用TASSEL学习GWAS笔记(1/6):读取plink基因型数据和表型数据 今天整理一下TASSEL操作GWAS的笔记。 笔记计划分为四篇: 第一篇:读取plink基因型数据和表型数据 第二篇:对基因型数据质控:缺失质控,maf质控,hwe质控,样本质控 第三篇:基因型数据可视化:kingship,LD,MDS 第四篇:一般线性模型进行 ...
个人分类: GWAS|147 次阅读|没有评论
Rstuido server选择不同的R版本(conda中的不同R版本)
邓飞 2021-7-5 20:46
自从上一次服务器重装系统之后,总感觉缺少了一些东西,安装R包很多依赖库报错,也可以解决,但总是存在,烦。 一天,一个同事问我说 ggpubr 包安装不成功,我就自己试了一下,真的是……安装不成功。 当你到了我这个年纪( 破罐子破摔 ),你就会知道, 「如果有包安装不上,那就不安装了」 。所以我就用资深数据分析 ...
个人分类: R语言|460 次阅读|没有评论
平凡而忙碌的一天
邓飞 2021-6-30 08:14
周一早上,刚下火车,就被问是否打过疫苗。我回答说“还没有打”,就被建议去打疫苗,说是七月一号之后,疫苗信息会更新到行程码上,如果没有打疫苗,地铁、公交会有限制。说是现在的疫苗是一针剂量的,只用打一次就行。 心想那就打吧,就随工作人员去打疫苗的场所,先是登记了一下个人信息,身体条件等内容,然后就到 ...
个人分类: 随感|457 次阅读|没有评论
数量遗传学,分享几本书的电子版
热度 1 邓飞 2021-6-27 16:57
今天,分享我收集的几本电子书,这次将所有电子书汇总一下,分享一下。 就我学习“数量遗传学”的经验,书要多本书一起看才会理解更透彻,有时候一本书不懂的地方,在另一本书中就能恍然大悟,每本书的偏重不一样,读起来补充的知识点也就不一样。 ok,来介绍一下书籍。 第一本:《Linear Models for the Prediction o ...
个人分类: 农学统计|429 次阅读|2 个评论 热度 1
总结 | R语言批量读取写入Excel数据
邓飞 2021-6-19 17:21
前一段,写过一篇: R语言中写入Excel的不同sheet表格 ,最近学习了tidyverse的方法,感觉需要总结一下,更新一下知识结构。 本文准备用实际数据,做一下操作: 「批量读取:」 批量读取多个Excel数据 批量读取一个Excel数据的不同表格 「批量写入」 批量写入Excel数据 1,批量写入到不同 ...
个人分类: 农学统计|594 次阅读|没有评论
一文讲清遗传相关
邓飞 2021-6-18 21:37
一些育种的基本概念,需要看教科书理解一下。这次我学习教科书,加深对相关概念的理解,最后用实际数据演示一下如何计算遗传相关及显著性。 「参考书:」 Raphael A.Mrode编著,于向春 张豪 主译《线性模型在动物育种值预测中的应用》 第三版 陈国宏, 张勤. 动物遗传原理与育种方法 . 中国农业出版社, 2009. ...
个人分类: 数量遗传学|553 次阅读|没有评论
tidyverse之汇总统计
邓飞 2021-6-16 22:36
之前写过一篇博客,介绍R语言的 aggregate 函数的汇总统计,最近学习 tidyverse ,感觉更好用,对比学习一下。 1 模拟数据 这里模拟了4个因子,5个观测值的数据框, 主要介绍了一下几种方法的汇总统计: 1, 单变量~单因子,单个个统计量, 这里使用平均数mean 2 单变量~单因子,多个个统计量, 这里使用自定义的函 ...
个人分类: 农学统计|550 次阅读|没有评论
通过代码理解中心化和标准化
邓飞 2021-6-15 22:45
1. R中的方差和标准差 「方差: var ,是样本方差」 ❝ var(y) instructs R to calculate the sample variance of Y. In other words it uses n-1 'degrees of freedom', where n is the number of observations in Y. ❞ 「标准差: sd ,是样本标准差」 ❝ var(y) instr ...
个人分类: 农学统计|586 次阅读|没有评论

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