育种数据分析之放飞自我分享 http://blog.sciencenet.cn/u/yijiaobai 关注:生物统计,数量遗传,混合线性模型,生物信息,R,Perl,Python,GWAS,GS相关方法,文章及代码

博文

玉米鉴定数据的批量处理

已有 2735 次阅读 2016-8-1 19:18 |个人分类:农学统计|系统分类:科研笔记

对于田间试验和农业数据分析,请加入下面QQ群:VSNC GenStat 交流群 203276907

快速加入群,可以点击这个链接,里面有大量的资料可以下载和交流:点击链接加入群【VSNC GenStat 交流群】:https://jq.qq.com/?_wv=1027&k=42XYzLq  




玉米鉴定数据批量处理方法介绍

在玉米鉴定试验中,一般是采用间比法进行的产比试验,数据有以下特点:

1、         两列数据,一列是品种名称,一列是产量(折合成的标准含水量)

2、         品种分为一般鉴定品种和对照,而且由于收获时有淘汰,对照之间的区间数目不固定。

3、         计算结果一般分为:与临近上对照比较、与临近下对照比较、与平均对照比较、与最高对照比较。

具体数据如下:这是产比后录入的数据,把其它不相关项去除后,剩下两列数据,来介绍数据的处理方法。


临近上对照:是指最靠近品种编号前面的第一个对照,计算待测品种相对于它的增产幅度。

临近下对照:是指最靠近品种编号后面的第一个对照,计算待测品种相对于它的增产幅度。

平均对照:是指所有ck的平均值,计算待测品种相对于它的增产幅度。

最高对照:是指所有ck的最大值,计算待测品种相对于它的增产幅度。

Excel可以进行处理,但是每个函数的区域有限,计算临近对照要经常替换函数,而数据量很大时无疑是个巨大的工程。

解决方法,由于大家的需求相近,这里用R语言编写了一个函数,把数据格式整理好,直接双击就可输出结果,结果如下:


这个结果是处理335为对照的结果,结果分为:

Up品种相对于上对照增产幅度

Up_ck:品种上对照ck

Down:品种相对于下对照增产幅度

Down_ck:品种下对照ck

Total_mean: 品种相对于总对照平均值增产幅度

Total_ck: 总对照平均值

Total_max: 品种相对于最高对照增产幅度

Total_max_ck: 最高对照值

其它可以输出的选项:

相对高的临近对照的增产幅度、相对于平均临近对照的增产幅度等一系列自动输出结果。

部分R代码截图:


程序运行方法:

1、在GenStat中调用R程序,或直接调用R函数。

2、把数据整理好示例数据的类型,然后点击运行,即可输出excel结果。

3、运行结果的顺序不会变,把结果拷贝到原excel就可以进行进一步的操作。

该设计类似增广设计,也可以使用增广设计的分析方法来进行处理,可以采用GenStat的混合线性模型,估算鉴定品种的BLUE值,用BLUE的值进行排序效果更好。用同样的数据用GenStat进行处理,对BLUE值进行排序,可以看出,排序的顺序大致与平均临近对照增产排序类似。

GenStat的模型:


结果:

GenStat计算出的BLUE值排序后的结果。





https://wap.sciencenet.cn/blog-2577109-993927.html

上一篇:生命科学领域专业统计软件GenStat简介
下一篇:GBLUP 视频推荐
收藏 IP: 123.119.43.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...
扫一扫,分享此博文

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-4-29 06:39

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部