1, 课程的目的

http://animalbiosciences.uoguelph.ca/~lrs/ABModels/NOTES/INTRO.pdf

这个课程的主要目的, 是使用线性模型分析畜牧育种数据的遗传评估

2, 课程的结构

这个课程比较简单, 主要是介绍数量遗传的骨架, 相关的问题以及解决方法会通过示例和代码的形式予以展示, 代码使用的是R语言. 课后还有一些联系, 主要是为了查看学习的效果.

3, 遗传模型的假定

• 无穷小模型(Infinitesimal Model(1909) )课程的基本假定, 即认为每个基因的效应值都是十分微小的, 控制某个性状的基因有很多个.
• 真实育种值(True Breeding Value), 所有控制某个性状的位点的效应值之和(加性), 就是性状的真实育种值(TBV).

4, 基因的效应值

4.1 加性效应

4.2 显性效应

4.3 上位性效应

5, 一些需要的信息

5.1 系谱数据

5.2 表型数据

5.3 育种生产体系

5.4 一些已知的遗传参数

比如说, 遗传力, 方差组分, 遗传相关等, 这些可以查阅文献获得, 或者通过数据进行评估.

6, 遗传评估使用的工具

6.1 线性统计

6.2 矩阵运算

6.3 计算程序

这里推荐使用R语言

7, 一些实例数据

• 牛(Cattle)
• 猪(Swine)
• 绵羊(Sheep)
• 山羊(Goats)
• 马(Horse)
• 麋鹿(Elk)
• 鹿(Deer)
• 美洲驼(Llama)
• 兔子(Rabbit)
• 火鸡(Turkey)
• 狗(Dog)
• 猫(Cat)
• 老鼠(Mouse)

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