博文
- 遗传力计算 | 1，随机区组RCBD计算广义遗传力
- 遗传力计算 | 1，随机区组RCBD计算广义遗传力 之前写过几篇博客，介绍植物育种数据中，如何计算广义遗传力，本次博客计划系统的介绍一下。所谓系统，就是包括：数据，代码，结果解读和重演。确保看到即学到，学到能用到。 「系列内容：」 1，随机区组RCBD计算广义遗传力 2，一年多点随机区组计算广义遗传 ...
- 计算群体GWAS分析所需要的最少SNP个数
- GWAS和GS分析中，都有一个假定： 「假定至少有一个SNP标记与所控制性状的QTL（基因）处于连锁不平衡状态（LD）」 ，那怎么满足这个条件呢，就需要覆盖全基因组的标记，需要计算群体LD的衰减距离，进而计算进行GWAS分析时所需要的最少SNP的个数。 公式 所需最小标记量基因组大小衰减距离 举例 现在求出 ...
- BLUP育种值如何计算准确性
- 大家好，我是飞哥。 「育种值的准确性是什么呢？为何要计算育种值的准确性呢？」 育种值的准确性的大小可以反应育种值计算的准确性如何，如果准确性高，就说明计算育种值时依赖的信息多（比如亲子关系、同胞关系等），结果就可靠。 ❝ 育种值也可以计算可靠性，它是准确性的平方 ❞ 另外，对于不 ...
- GCTA学习4 | GCTA说明文档--功能分类及常见问题
- 1. GCTA 说明文档 最新版是2021-06-01更新，共有98页： GCTA说明文档 ：https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/static/gcta_doc_latest.pdf 2. GCTA功能分类 2.1 遗传力、遗传相关、表型预测 GRM：构建亲缘关系矩阵 Inbreeding：计算近交系数 Heritability：估算方差组分和遗 ...
- GCTA学习3 | GCTA的两篇NG：fast-LMM和fast-GLMM
- 本节，介绍一下官网上面GCTA的功能描述。 1. 最新功能 GCTA在2010年首次释放，现在的版本是1.94.0beta，2021年到现在更新了3次，重要的更新时增加了 fastGWA 、 fastGWA-GLMM ，相关文章发表在NG上。 2. 2019 NG：fast-LMM模型 「2019年的NG，介绍了fast-LMM模型，分析45万个个体，2048个性状，无压力！ ...
- TASSEL的MLM模型构建的kinship矩阵相关知识
- 今天，看一下TASSEL的MLM模型构建的kinship矩阵是如何计算的？ 1. 导入基因型数据 「数据及代码下载，请关注公众号：育种数据分析之放飞自我，进入知识星球进行相关下载和学习」 这里导入vcf格式的数据： 2. 导入表型数据和协变量 「表型数据：」 「协变量文件：」 3. 构建kinship矩阵 ...
- GWAS计算BLUE值4--联合方差分析演示
- 本篇，用书籍中的数据和结论，用R语言的一般线性模型和混合线性模型，做一下一年多点的联合方差分析的演示。 1. 参考书籍《农业试验设计与统计分析》 这本书是压箱底的好书，里面是用最原始的方式（公式推导和分解）介绍农业试验设计与统计分析相关的知识点，这次使用第九章 多点试验结果的联合分析，第一节，一 ...
- GWAS计算BLUE值3--LMM考虑残差异质计算BLUE值
- 本节，介绍如何使用R语言的asreml包拟合混合线性模型，定义残差异质，计算最佳线性无偏估计（blue） 1. 试验数据 ❝ 数据来源： Isik F , Holland J , Maltecca C . Genetic Data Analysis for Plant and Animal Breeding. Springer International Publishing, 2017. ❞ 「数据及 ...
- 关于Linux的grep命令总结笔记
- ❝ 今天，我以为我发现了Linux的grep的bug，最后竟然发现是windows和linux系统的换行符不一样，知道真相的我留下了不学无术的眼泪。 ❞ 事情是这个样子的： 今天，我像往常一样提取基因组的样本，我有一堆样本的ID，需要从所有的基因型的文件中提取出来。 以前我都是使用R语言，将基因型数据读进去， ...
- R语言操作文件与文件夹总结笔记
- 有时候，编写代码时，需要查看一下当前文件夹的内容，有时候需要创建文件或者文件夹，之前都是在windows系统或者Linux系统下创建好，但总不够原滋原味。这里，总结一下常用的文件创建，文件夹创建，判断是否存在，文件复制，文件删除等操作。 「太长不看版：」 ##浏览功能 dir#浏览整体文件及文件 ...
