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群落系统发育研究不能脱离理论框架
张金龙 2020-12-30 09:14
导读 群落系统发育(community phylogenetics)研究最初是为了探讨群落内物种共存而提出的,但近些年不少研究逐渐脱离了其理论框架,如(1)有些研究将系统发育理论框架用于群落以外的地理尺度,但没有充分考虑地理和历史过程的影响;(2)缺乏对物种的功能性状进行系统发育信号(Phylogenetic signal)检验;(3)将 ...
个人分类: 科研笔记|3683 次阅读|没有评论
WGS84坐标和HK80坐标之间的相互转换
张金龙 2020-12-14 09:39
HK80(Hong Kong 1980 Grid System)是香港的一种坐标系(EPSG:2326),一般用于地图绘制、工程勘测、树木调查等。不过,生态学研究中最常用的坐标系为WGS84(EPSG:4326),例如GPS一般就是直接给出WGS84的经纬度,Google Earth等也用WGS84坐标系。那么HK80坐标如何转换为WGS84坐标呢? 香港地政署测绘处给出了测量 ...
个人分类: 天文地理|3049 次阅读|没有评论
用plantlist程序包查询和处理植物学名 (plantlist 0.6.5)
热度 3 张金龙 2020-5-11 12:36
用plantlist程序包查询和处理植物学名 张金龙 2020-05-11 plantlist包简介 plantlist是用来查询和处理植物学名的R程序包,自2013年发布以来,受到很多老师和同学的关注。 plantlist的主要功能 批量查询植物科属,内置的数据主要来源于The Plant List网站 ( www.theplantlist.org/ ),其中被子植物采用APGIII分类系 ...
个人分类: 科研笔记|6182 次阅读|6 个评论 热度 3
什么是系统发育独立差(Phylogenetic Independent Contrast)?
热度 2 张金龙 2020-2-20 00:16
张金龙、徐姗 系统发育独 立差(Phylogenetic Independent Contrast, PIC)是去除性状分析中物种系统发育关系的一种方法,是美国进化生物学家 J. Felsenstein于1985年提出的。 当时,有动物学家检验了若干哺乳动物脑容量和体重的相关性。然而,所用 统计方法都假设各个种的性状是相互独立的,采集自同 ...
个人分类: 科研笔记|5678 次阅读|4 个评论 热度 2
再忆铁峰
热度 1 张金龙 2020-1-23 15:09
再忆铁峰 又到过年了,又想起了铁峰兄。铁峰姓朴,朝鲜族,在黑龙江齐齐哈尔长大,年长我一岁,离开这个世界已经五年了。 十年前,我还在读博的时候,有一次跟研究组的米湘成老师去黑龙江采集树木DNA条形码的样品,就在那次认识的铁峰。 那时候,铁峰还在韩国江原道大学读博士,但主要野外工作是在黑龙江 ...
个人分类: 随笔|7578 次阅读|1 个评论 热度 1
计算进化树末端节点出现的时间及两节点共同祖先(MRCA)的年龄
张金龙 2020-1-10 14:27
Jinlong Zhang 1/10/2020 目的: 建立进化树 获得进化树中每个种的延续时间 获得某两个种最近共同祖先(MRCA)距离现在的时间 代码 setwd(C:/Users/jlzhang/Desktop/age) library(plantlist) #devtools::install_github(helixcn/plantlist) ##Thi ...
个人分类: 科研笔记|5603 次阅读|没有评论
用phylotools建立supermatrix
张金龙 2019-10-29 09:41
phylotools是用来建立DNA supermatrix矩阵的R程序包,是为了将比对好的基因文件(Fasta文件或Phylip文件)合并成超级矩阵(supermatrix)而编写的。 Supermatrix与Relaxed Phylip格式 supermatrix,就是将不同基因的片段分别比对后,再按照物种名合并形成的大型数据集,以便建立进化树用。 supermatrix一般为Rel ...
个人分类: 软件介绍|4229 次阅读|没有评论
从DNA序列到系统发育多样性-在环保部环科院的讲座
张金龙 2019-10-10 10:26
讲座内容包括: 1 进化树及相关基本概念 2 DNA 序列的获取和比对 3 进化模型及其筛选 4 建立进化树的方法 5 启发式搜索和 bootstrap 可靠性评估 6 贝叶斯法建树 7 分化时间的校对:分子钟 8 通过植物学名建立进化树 9 系统发育多样性分析: ape 、 vegan 和 pica ...
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