张金龙的博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/zjlcas 物种适应性、分布与进化

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进化时间的估算:r8s软件使用指南
热度 2 2010-3-24 20:15
本文所附PDF文件中在Windows编译r8s部分已经过时,请参考博文: 《 怎样在Windows10系统中编译和运行r8s 》 http://blog.sciencenet.cn/blog-255662-1144730.html r8s是美国加利福尼亚大学戴维斯分校的进化生物学家Mike Sanderson编写的用于估算进化树分化时间的软件,在进化生物学、分子生物地理 ...
个人分类: 科研笔记|18101 次阅读|3 个评论 热度 2
天文计算PyEphem指南
2010-1-17 00:09
PyEphem (http://rhodesmill.org/pyephem/tutorial.html) ( github , Pypi )是Python下的一个软件包,计算准确度很高,可用来计算不同坐标系下太阳、月亮、行星、彗星及人造卫星的位置,亮度,出没时刻,中天时刻等,为天文爱好者制作星历表提供了很大方便。初次接触该软件可能觉得无从下手,本文做简要介绍。 1. ...
个人分类: 特别转载|13126 次阅读|没有评论
在Ubuntu Linux中安装R
热度 2 2010-1-4 01:14
在Ubuntu Linux里安装R软件 1 在终端输入 sudo gedit /etc/apt/sources.list file打开软件源文件 将 deb http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/bin/linux/ubuntu karmic/ 拷贝到该文件中。 2 输入 sudo apt-get update sudo apt-get install r-base 即可安装R基础包 3 在终端键入R,进入R,键入ins ...
个人分类: 特别转载|11494 次阅读|4 个评论 热度 2
在Ubuntu Linux编译r8s
2010-1-4 00:20
张金龙 2010年1月4日 2016年10月17日修订 r8s是校对分子钟的著名软件,在分子进化领域有着广泛的应用,但是作者提供的可执行文件只有Mac版本,以及该程序的源代码,用户可在linux下对其源代码进行编译。下面介绍如何在Ubuntu Linux系统下编译r8s的源代码。 1 将r8s压缩包下载到本地,如存放在 “下载” ...
个人分类: 未分类|8908 次阅读|没有评论
统计结果的保存:Sweave in R
2009-8-6 22:50
Sweave in R? Sweave是R中的一个函数,用来生成统计报告的。如果你希望将R的代码和LaTeX的代码整合到一个文件中,可以用Sweave函数生成.tex文件,利用安装好的LaTeX编译TeX文件就能生成包含相应计算结果的pdf文件。 Sweave处理的是.Snw文件,其格式几乎与.TeX文 件相同,不同的是,其中的R代码包含在= 和 @ ...
个人分类: 统计分析|12511 次阅读|没有评论
在windows中创建R程序包简明指南(2016年8月15日修订)
热度 4 2009-8-5 16:18
在 Windows 下创建 R 程序包简明指南 ( 2016 年 8 月 15 日修订) 张金龙 jinlongzhang01@gmail.com R 软件中 CRAN 镜像已经有 8957 个程序包在线发表(截至 2016 年 8 月 15 日),几乎涉及统计编程的所有领域。 CRAN 上每个程序包都包含源代码以及编译好的 Windo ...
个人分类: 科研笔记|23219 次阅读|16 个评论 热度 4
生物多样性与宏生态学链接(2016年9月5日)
2009-8-5 14:18
链接已经转移到github保存,请参考 https://github.com/helixcn/EcoEvoLinks
个人分类: 特别转载|9259 次阅读|没有评论
从现在开始学习R
热度 1 2009-7-2 13:01
R作为一种统计与语言,具有灵活的数据处理能力和强大的作图功能。用R语言能够得到做到的精美的图形,做出的统计结果,很多是SPSS无法用简单的界面操作难以完成的。如矩阵操作,GAM。 有人说SPSS界面化操作,简单易学,当前的教程很多。界面化操作除了容易入门之外,其计算过程过于拘谨,如果要将相似的内容重复很多次, ...
个人分类: 特别转载|6655 次阅读|没有评论 热度 1
R语言:常用统计检验-续
热度 1 2009-6-25 13:04
# 理论分布依赖于若干未知参数时 # Kolmogorov-Smirnov 检验 # ks.test() 例一 对一台设备进行寿命检验,记录十次无故障操作时间,并按从小到大的次序排列如下, # 用 ks 检验方法检验此设备无故障工作时间是否符合 rambda=1/1500 的指数分布 # ...
个人分类: 统计分析|17102 次阅读|没有评论 热度 1
R语言:常用统计检验方法
热度 1 2009-6-25 00:36
R语言:常用统计检验方法一 写在前面 R已经成为当前国际学术界最流行的统计和绘图软件之一,该语言较为简单易学,统计分析功能强大,且具有很强的绘图功能,能够绘制学术出版要求的多种图表.R语言在生物信息学,进化生物学、生态学与环境、经济学、语言学等领域有着极为广泛的应用。 R软件是跨 ...
个人分类: 生活点滴|30432 次阅读|没有评论 热度 1

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