张金龙的博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/zjlcas 物种适应性、分布与进化

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计算种间关联度(种间连接)的spaa程序包
热度 4 2010-5-18 19:37
编写一个计算种间关联的小程序是出于以下原因: 查阅了很多进行种间关联分析的论文,一直也没有提及用什么软件。 为此我觉得有必要编写一个程序包,用来进行群落数据的处理及种间关联度计算和绘图。 R当然成为首选,因为R是开源的,所有代码可见;同时又是免费的,不用注册,就可以使用R。 花费几天的时间,终于完成 ...
个人分类: 科研笔记|12681 次阅读|4 个评论 热度 4
R软件中如何进行群落聚类分析?
热度 5 2010-4-8 13:55
群落按照物种相似形组成进行聚类分析,可以用树状图较好的表现物种的组成关系。受到很多植被学家的重视。这里以R软件实现聚类分析为例。 如果按照物种组成的相似性做聚类分析,那么可以用Jaccard指数(经过转换的)。Jaccard指数只考虑物种在两个样方间是否重复出现,盖度在分析的过程中并不起什么作用。但是如果 ...
个人分类: 科研笔记|19443 次阅读|5 个评论 热度 5
R软件计算生物多样性指数
热度 13 2010-4-8 13:52
生物多样性指数的计算在R中计算十分简单,这里介绍一下用vegan包计算生物多样性指数的方法。 首先要将R软件和用到的程序包安装好。在数据处理和格式转换过程中,需要用到openxlsx、reshape2和vegan包。如果没有安装这几个程序包,就在R console中输入以下命令安装。 install.packages('reshape2') install.pack ...
个人分类: 科研笔记|45875 次阅读|32 个评论 热度 13
早春的金缕梅
2010-3-27 20:59
金缕梅 金缕梅原产于我国亚热带地区。在湖北神农架山区,干旱的山顶上,生长有大量的金缕梅。北京的金缕梅均为栽培。 金缕梅是春季最早开花的植物之一。金缕梅先花后叶,花瓣金色,狭长,在风中微微飘动,十分惹人喜爱。 现将今天拍摄的几张照片粘贴上来,与读者共享。
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物种分布随气候的变化:BIOMOD使用指南
2010-3-27 16:39
BIOMOD 是 R 软件的一个程序包,是 BIOdiversity MODelling 的缩写,主要用来模型物种分布区及其随气候的变化。该软件是 Wilfried Thuiller 等三位学者 在法国蒙彼利埃 CNRS 功能与进化生态学中心开发的。 W. Thuiller 是活跃在学术一线的年轻科学家,其发表的学术论文具有较大影响。 BIOMOD 程 ...
个人分类: 科研笔记|7231 次阅读|没有评论
报告:《从序列到分化时间——进化树与分子钟》
热度 1 2010-3-26 15:34
这是2010年1月,本人在研究组所做的报告之一,内容为依据DNA序列构建进化树的原理与方法,并依据进化树进行分子钟估算。 包括: 1.在GenBank上下载DNA序列 2.在ClustalX中进行DNA序列比对,及其注意事项 3.DNA 碱基替换模型及其筛选,ModelTest软件的原理 4.进化树的构建的原理 介绍了距离法,极大似然法,最大简约法和贝 ...
个人分类: 科研笔记|14935 次阅读|3 个评论 热度 1
PAUP*软件简明指南
热度 4 2010-3-26 00:14
PAUP* 软件简明指南 PAUP* 全称Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods)是美国佛罗里达大学的David Swofford博士编写的,是用最大简约法建立进化树最重要的软件,同时与ModelTest软件一起,是进化模型筛选等的必备软件,也可以进行如极大似然法建树及其他分析 ...
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用RAxML构建极大似然进化树
热度 1 2010-3-24 21:28
用 RAxML 构建极大似然进化树 RAxML 是用极大似然法建立进化树的软件之一,可以处理超大规模的序列数据,包括上千至上万个物种,几百至上万个已经比对好的碱基序列。作者是德国慕尼黑大学的 A. Stamatak 博士。 性能在一定程度上超越了PHYML,GARLI等著名软件,由于算法的优势, ...
个人分类: 科研笔记|18243 次阅读|2 个评论 热度 1
R语言入门幻灯片
热度 3 2010-3-24 20:38
R语言入门 R语言在自然科学和社会科学的统计和绘图领域正发挥着越来越重要的作用,但由于其需要输入命令,让很多读者望而生畏,其实R语言本身并没有看起来复杂,只要想清楚自己究竟要做什么,你会发现,用R实现十分简洁而清晰。 R ...
个人分类: 科研笔记|14893 次阅读|6 个评论 热度 3
进化时间的估算:r8s软件使用指南
热度 2 2010-3-24 20:15
本文所附PDF文件中在Windows编译r8s部分已经过时,请参考博文: 《 怎样在Windows10系统中编译和运行r8s 》 http://blog.sciencenet.cn/blog-255662-1144730.html r8s是美国加利福尼亚大学戴维斯分校的进化生物学家Mike Sanderson编写的用于估算进化树分化时间的软件,在进化生物学、分子生物地理 ...
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