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- R中的极大似然估计
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R中的极大似然估计 张金龙 jinlongzhang01@gmail.com 人们经常用样本(sample)来估计总体(population)的参数， 假定一个概率密度函数，如正态分布，并给出所有可能的参数组合，那么每一种参数组合所生成当前样本的可能性分别有多大？将最可能产生当前样本的参数，作为总体参数的估计，这就是极大似然(Maximum Likelihood) ...
- 花粉传播有关的几个公式
- $d_{j,k}=\sqrt{(x_{j}-x_{k})^2 +(y_{j}-y_{k})^2}$ $f(x, y; \delta, b)=\frac{ b\Gamma(3/b)}{2\pi\delta^2\Gamma(2/b)^3}e^{(\frac{\Gamma(3/b)d}{\Gamma(2/b)\delta})^2}$ $\pi_{r, jk}=\frac{F_{r,k}f(d_{jk}; \delta, b))}{\sum_{l:fathers}F_{r,l}f(d_{jl};\delta,b)}$ $L(g|alpha_{COV}, delta, b, ...
- Putty退出后保持背景程序运行
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- Putty退出后保持背景程序运行 Putty远程登录Linux，在putty会话窗口关闭后， 远程的命令也停止了执行， 如果想要命令继续执行， 则需要用screen程序。 方法如下： (1)用Putty登录服务器;用户名，密码 (2)输入screen, 给出帮助提示， 按空格跳过 (3)此时， 程序又回到命令提示符， 但是操作都将在screen中记录。 运 ...
- 生态学主要刊物的RSS源 (20170509)
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RSS xml源文件 journals.opml 该文件为RSS源通用opml格式，可以导入Opera，也可以导入其他RSS浏览器如 Sharp reader ( http://sharpreader.net/ ), RSSOwl (http://www.rssowl.org/ )等 。 当有新文章上线时， RSS浏览器会提示。 包括的刊物有： RSS
- R读取Excel文件
- R中现在一般用 openxlsx 程序包的 read.xlsx 或 write.xlsx 读写xlsx文件。 也可以使用readxl 程序包 的 read_excel() 函数读取 xlsx, xls文件。readxl 只能读取Excel文件，不能保存。 2018年2月20日更新
- 北欧名城乌普萨拉
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北欧名城乌普萨拉 Uppsala ，因其拥有的乌普萨拉大学而闻名于世。乌普萨拉大学在世界大学的排名中名列达到83位。乌普萨拉中心城区完好得保留着古建筑，风格高贵，典雅。历史、艺术、科学，就在这座小城交织，演奏出动人的旋律。 几百年来，乌普萨拉诞生了解剖学之父鲁德贝格Olaus Rudbeckius，分类学之父林奈Carolus Li ...
- 于默奥的蓝天白云
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于默奥位于瑞典北部，这里的空气洁净，天空湛蓝，夏天阳光明媚。于默奥是一座大学城，有瑞典农业大学和于默奥大学，近些年，这两所学校的学术研究取得了长足进步。
- MCMC中的Metropolis Hastings抽样法
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Metropolis Hastings抽样法示例 jinlongzhang01@gmail.com Metropolis Hasting（下面简称MH）是蒙特卡罗马尔科夫链中一种重要的抽样方法。本文简要介绍MH算法，并给出一个实例。 MH算法在参数空间随机取值，作为起始点。按照参数的概率分布生成随机的参数，按照这一系列参数的组合，计算当前点的概率密度。依据 ...
- 将比对好的fasta序列转换成relaxed phylip格式
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- 在推断进化树的过程中,我们有时候希望phylip格式的文件能够将序列名称完整保留下来。这里就需要用relaxed phylip格式。 不过，通常情况下，如果序列名超过10字符，ClustalX和MUSCLE等软件给出的phylip文件会将名称截取到十个字符，也就是遵循传统的PHYLIP格式。 为了将比对好的FASTA文件直接转换为 relaxed phylip格 ...
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