R读取Excel文件

张金龙 2012-5-18 03:06

R中现在一般用 openxlsx 程序包的 read.xlsx 或 write.xlsx 读写xlsx文件。 也可以使用readxl 程序包 的 read_excel() 函数读取 xlsx, xls文件。readxl 只能读取Excel文件，不能保存。 2018年2月20日更新

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将比对好的fasta序列转换成relaxed phylip格式

热度 2 张金龙 2012-1-18 12:10

在推断进化树的过程中,我们有时候希望phylip格式的文件能够将序列名称完整保留下来。这里就需要用relaxed phylip格式。 不过，通常情况下，如果序列名超过10字符，ClustalX和MUSCLE等软件给出的phylip文件会将名称截取到十个字符，也就是遵循传统的PHYLIP格式。 为了将比对好的FASTA文件直接转换为 relaxed phylip格 ...

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Inno setup 制作安装文件以编译FigTree为例

热度 1 张金龙 2011-10-17 11:45

Inno setup 制作安装文件以编译FigTree为例 张金龙 （jinlongzhang01@gmail.com） Windows下安装文件的制作为软件的安装和卸载提供了方便。用户不再用担心可执行文件及动态连接库等保存在固定的文件夹中，只需要进行软件的安装和卸载，就可以将全部需要的可执行文件，以及程序运行所需要的文件创建和删除。这为程序管 ...

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Cygwin 简明指南-以编译r8s为例

热度 1 张金龙 2011-9-23 16:58

本文内容已经过期，请参考新版 http://blog.sciencenet.cn/blog-255662-1144730.html Cygwin 是 Windows 平台下的一套 Unix/Linux 模拟环境，为 Windows 用户提供了 shell 环境以及 linux 下的编译器如 gcc 及众多软件 (Perl, Python,VIM, Emacs, Gedit 等等 ) 。 这里介绍如何用 Cygwin 编译分子 ...

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如何撰写生态学科研论文？

热度 2 张金龙 2011-8-7 23:14

如何撰写生态学科研论文？ 张金龙 科研论文是科学家贡献的最直接标志。好的研究论文往往具有很强的生命力，在十几年，甚至几十年后还会有人引用。研究论文，作为当代最重要的科学研究著作的形式，理应受到特别的关注。而对于广大研究生而言，学会正确的撰写科研论文，也是学习的重 ...

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Tortoise SVN管理本地代码

热度 1 张金龙 2011-5-30 03:51

Tortoise SVN管理本地代码 张金龙 jinlongzhang01@gmail.com 什么是Tortoise SVN? TortoiseSVN是一个windows下的文档版本管理的开源软件。用户每次对自己编写的代码进行修改，都会记录在SVN的数据库中。Tortoise SVN能够在设定好的文件夹上添加相应的“对号”，“问号”等标识，标识当前代码的编辑状态，特别是有没有在数 ...

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R语言初步——数据处理、绘图与编程

热度 4 张金龙 2010-12-30 13:58

R语言初步——数据处理、绘图与编程 本文介绍的是一套幻灯片，共包括120张，较为详细的介绍了R语言，以及简单统计分析的实现，包括方差分析、回归，以及绘图、编写函数的方法。 内容如下： 一R简介 二函数与对象 三脚本编程 四R绘图 五编写函数 六数据保存 以下是幻灯片的内容，希望对感兴趣的读者能有促 ...

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用R高清绘图:分辨率600DPI

热度 3 张金龙 2010-12-3 12:28

用R高清绘图600DPI 2016年2月1日修改 用tiff命令可以生成指定分辨率的tiff格式的图片,tiff一般很大, 所以一般都进行压缩, 常用如 lzw压缩. tiff(file = C:/test1.tiff, res = 600, width = 4800, height = 4800, compression = lzw) plot(1:22, pch = 1:22, cex = 1:3, col = 1:5) ...

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Phylomatic生成进化树及物种功能性状聚类

热度 2 张金龙 2010-11-27 21:17

Generating phylogenetic trees with Phylomatic and dendrograms of functional traits in R 基于现有的物种之间的进化关系，将其拟合成一个进化树，一直是进化生物学家和生态学家非常关心的问题。Phylomatic软件使得用户可以用物种名录生成基于APGIII的进化树框架，进而用Phylocom软件拟合出分化时间。这使得计算群落 ...

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