张金龙的博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/zjlcas 物种适应性、分布与进化

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R读取Excel文件
2012-5-18 03:06
R中现在一般用 openxlsx 程序包的 read.xlsx 或 write.xlsx 读写xlsx文件。 也可以使用readxl 程序包 的 read_excel() 函数读取 xlsx, xls文件。readxl 只能读取Excel文件,不能保存。 2018年2月20日更新
个人分类: 科研笔记|9012 次阅读|没有评论
将比对好的fasta序列转换成relaxed phylip格式
热度 2 2012-1-18 12:10
在推断进化树的过程中,我们有时候希望phylip格式的文件能够将序列名称完整保留下来。这里就需要用relaxed phylip格式。 不过,通常情况下,如果序列名超过10字符,ClustalX和MUSCLE等软件给出的phylip文件会将名称截取到十个字符,也就是遵循传统的PHYLIP格式。 为了将比对好的FASTA文件直接转换为 relaxed phylip格 ...
个人分类: 科研笔记|12228 次阅读|2 个评论 热度 2
Inno setup 制作安装文件以编译FigTree为例
热度 1 2011-10-17 11:45
Inno setup 制作安装文件以编译FigTree为例 张金龙 (jinlongzhang01@gmail.com) Windows下安装文件的制作为软件的安装和卸载提供了方便。用户不再用担心可执行文件及动态连接库等保存在固定的文件夹中,只需要进行软件的安装和卸载,就可以将全部需要的可执行文件,以及程序运行所需要的文件创建和删除。这为程序管 ...
个人分类: 科研笔记|7575 次阅读|1 个评论 热度 1
Cygwin 简明指南-以编译r8s为例
热度 1 2011-9-23 16:58
本文内容已经过期,请参考新版 http://blog.sciencenet.cn/blog-255662-1144730.html Cygwin 是 Windows 平台下的一套 Unix/Linux 模拟环境,为 Windows 用户提供了 shell 环境以及 linux 下的编译器如 gcc 及众多软件 (Perl, Python,VIM, Emacs, Gedit 等等 ) 。 这里介绍如何用 Cygwin 编译分子 ...
个人分类: 科研笔记|8589 次阅读|6 个评论 热度 1
如何撰写生态学科研论文?
热度 2 2011-8-7 23:14
如何撰写生态学科研论文? 张金龙 科研论文是科学家贡献的最直接标志。好的研究论文往往具有很强的生命力,在十几年,甚至几十年后还会有人引用。研究论文,作为当代最重要的科学研究著作的形式,理应受到特别的关注。而对于广大研究生而言,学会正确的撰写科研论文,也是学习的重 ...
个人分类: 科研笔记|5454 次阅读|2 个评论 热度 2
Tortoise SVN管理本地代码
热度 1 2011-5-30 03:51
Tortoise SVN管理本地代码 张金龙 jinlongzhang01@gmail.com 什么是Tortoise SVN? TortoiseSVN是一个windows下的文档版本管理的开源软件。用户每次对自己编写的代码进行修改,都会记录在SVN的数据库中。Tortoise SVN能够在设定好的文件夹上添加相应的“对号”,“问号”等标识,标识当前代码的编辑状态,特别是有没有在数 ...
个人分类: 科研笔记|9088 次阅读|1 个评论 热度 1
R语言初步——数据处理、绘图与编程
热度 4 2010-12-30 13:58
R语言初步——数据处理、绘图与编程 本文介绍的是一套幻灯片,共包括120张,较为详细的介绍了R语言,以及简单统计分析的实现,包括方差分析、回归,以及绘图、编写函数的方法。 内容如下: 一R简介 二函数与对象 三脚本编程 四R绘图 五编写函数 六数据保存 以下是幻灯片的内容,希望对感兴趣的读者能有促 ...
个人分类: 科研笔记|15149 次阅读|7 个评论 热度 4
用R高清绘图:分辨率600DPI
热度 3 2010-12-3 12:28
用R高清绘图600DPI 2016年2月1日修改 用tiff命令可以生成指定分辨率的tiff格式的图片,tiff一般很大, 所以一般都进行压缩, 常用如 lzw压缩. tiff(file = C:/test1.tiff, res = 600, width = 4800, height = 4800, compression = lzw) plot(1:22, pch = 1:22, cex = 1:3, col = 1:5) ...
个人分类: 科研笔记|34366 次阅读|3 个评论 热度 3
Phylomatic生成进化树及物种功能性状聚类
热度 2 2010-11-27 21:17
Generating phylogenetic trees with Phylomatic and dendrograms of functional traits in R 基于现有的物种之间的进化关系,将其拟合成一个进化树,一直是进化生物学家和生态学家非常关心的问题。Phylomatic软件使得用户可以用物种名录生成基于APGIII的进化树框架,进而用Phylocom软件拟合出分化时间。这使得计算群落 ...
个人分类: 科研笔记|13627 次阅读|1 个评论 热度 2

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