张金龙的博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/zjlcas 物种适应性、分布与进化

博文

在本地运行awk版的phylomatic利用植物名录生成进化树

已有 1422 次阅读 2022-3-31 11:41 |个人分类:软件介绍|系统分类:科研笔记

Phylomatic网页版在2021年下线后,Cam Webb提供了phylomatic-awk (https://github.com/camwebb/phylomatic-awk)。可先下载zip包到本地,保存为phylomatic-awk-main.zip。

该软件是用awk语言写成的,在安装了awk解释器的计算机上就可以运行。本文以Windows10系统为例,介绍awk版本的phylomatic的运行。

要运行awk版本的phylomatic,当然要先安装awk的解释器。rtools和git两个软件,就都内置又awk的解释器,因此,只要系统装了rtools (https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/)或者git (https://git-scm.com/), 同时将awk添加到电脑的启动路径(也就是将awk.exe添加到系统路径中,以便于从cmd调用),就可以在本地运行phylomatic了。

在Windows10中具体添加awk.exe到启动路径的方法是:

1. 找到gawk.exe的路径,如果安装了git,则路径一般为 C:\Program Files\Git\usr\bin, 如果安装了rtools,则路径一般为 C:\rtools40\usr\bin

图1

2. 在桌面找到“我的电脑”,点击鼠标右键,“属性”,点击“高级系统设置”>“环境变量”>“系统变量”>找到 “path”>,点击“编辑”

图2

图3

图4

3. 将C:\Program Files\Git\usr\bin添加到path中。

方法为:点击“新建”,在最底一行粘贴 C:\Program Files\Git\usr\bin

图5

4. 测试gawk.exe是否添加成功:

方法为: 回到桌面,右键点击鼠标,点击 git bash here。然后在新窗口中,输入gawk,若结果如图所示,则添加成功。

图6

5. 用7zip或者winrar解压缩 phylomatic-awk-main.zip

6. 打开 phylomatic-awk-main 文件夹,鼠标右键点击git bash here 以打开git命令行窗口