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用phylotools建立supermatrix
张金龙 2019-10-29 09:41
phylotools是用来建立DNA supermatrix矩阵的R程序包,是为了将比对好的基因文件(Fasta文件或Phylip文件)合并成超级矩阵(supermatrix)而编写的。 Supermatrix与Relaxed Phylip格式 supermatrix,就是将不同基因的片段分别比对后,再按照物种名合并形成的大型数据集,以便建立进化树用。 supermatrix一般为Rel ...
个人分类: 软件介绍|3955 次阅读|没有评论
QGIS3 创建包含多边形的shape文件
张金龙 2019-3-29 10:47
QGIS是非常优秀的GIS软件。因为是开源软件,程序包中所有的工具都可以免费使用。下面简要介绍用QGIS怎样创建一个ESRI shape文件。 Shape文件是GIS的通用格式,各种空间处理软件,包括R、Python等的空间处理以及绘图都会用到它。 QGIS的下载和安装,参见 https://www.qgis.org/en/site/ 。 要创建包含 ...
个人分类: 软件介绍|5984 次阅读|没有评论
那些生态学可能会用到的工具软件
张金龙 2018-12-30 14:14
本文列出部分工具软件,涵盖论文写作、 排版、图片编辑、编程、文件管理、数据整理等方面,以开源软件为主,供感兴趣的老师同学参考。 文献检索 SciHub https://sci-hub.tw/ 其实本来是个网站,可根据文档的DOI获取 PDF 全文。不过由于该网站经常不能访问,国内有高手开发了单机版,所以这里列出来: ...
个人分类: 软件介绍|8267 次阅读|没有评论
物种分布模型相关的R程序包列表
热度 4 张金龙 2018-7-11 18:14
最新版本参见 https://github.com/helixcn/sdm_r_packages 前言 自从BIOMOD程序包在CRAN发布以来,众多的生态学家将注意力集中到R。 这是因为: 用R语言开发软件包相对容易,R中的数据对象类型容易学习和理解,数据读取等也非常容易。 近些年诞生的一些R程序包,让R十分方便地处理shape文件和ra ...
个人分类: 软件介绍|19343 次阅读|7 个评论 热度 4

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