科学网—QHDXZJW的博文

Materials Studio如何打通个人电脑与服务器间的连接？

赵建伟 2021-10-4 16:40

打算利用 DFT与分子动力学做材料研究的人不在少数，但经常被各种各样的困难挡住。大家普遍认为最大的拦路虎是什么？调查结果往往指向第一道门槛—Linux系统。学习Linux的确很消耗时间。对于一位实验出身的研究者来说，初期花费大量时间去从头学习另一套操作系统，可能会导致自己的研究进度相比于 ...

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Materials Studio官方教程：Conformers——研究结构-能量之间的关系【2】

赵建伟 2021-10-4 16:36

紧接上文： Materials Studio官方教程：Conformers——研究结构-能量之间的关系【1】 3、用氟原子取代环上原子并研究对能垒的影响将联苯环体系上的若干氢原子替换为卤素原子，研究其对旋转能垒的影响。导入 5CBF.xsd 和 5CB2F.xsd 结构文件。 5CBF.xsd 为在5CB中一个苯环添加氟 ...

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Materials Studio官方教程：Conformers——研究结构-能量之间的关系【1】

赵建伟 2021-9-29 09:45

目的：介绍了Conformers模块搜索低能量构型和研究构象-性质关系的方法。所用模块： Materials Visualizer、Conformers 前提条件：绘制简单分子结构的可视化工具（Sketching simple molecules Visualizer）教程介绍随着分子中的原子数目的增加，该分子的势能面会变得愈加复杂。 ...

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Materials Studio官方教程 | 乙内酰脲潜在多晶型的氢键分析【2】

赵建伟 2021-9-28 17:11

紧接上文： Materials Studio官方教程：CCDC——乙内酰脲潜在多晶型的氢键分析【1】 4、利用CSD查询相关结构在本节中，将在CSD中查询包含已定义官能团的结构，并提取施主和受主位点之间的连接信息。从菜单栏中选择 Modules | CCDC | Motif Search ，打开 Motif Search Calculation 对话框 ...

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Materials Studio官方教程：CCDC——乙内酰脲潜在多晶型的氢键分析

赵建伟 2021-9-28 17:06

目的：说明了根据氢键基序对多晶型结果进行分类的方法。所用模块： Materials Visualizer、CCDC、Polymorph（可选）、DMol 3 （可选）前提条件：绘制简单分子结构的可视化工具（Sketching simple molecules Visualizer）教程背景有机物分子晶体中的多晶型既为固化应用、制药开发以及精细和特 ...

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Materials Studio官方教程：CCDC——利用CCDC和粉末衍射实验数据进行晶体鉴定

赵建伟 2021-9-26 16:34

目的：说明了Materials Studio与CSD的结合使用。所用模块： Materials Visualizer、Reflex、QSAR 前提条件：绘制简单分子结构的可视化工具（Sketching simple molecules Visualizer）教程介绍剑桥结构数据库（CSD）是一个小分子晶体结构的存储库。它是剑桥晶体数据中心（CCDC；http://www.ccdc ...

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Materials Studio官方教程：CCDC模块——Materials Studio和CSD联用【2】

赵建伟 2021-9-26 16:31

紧接上文： Materials Studio官方教程：CCDC模块——Materials Studio和CSD联用【1】 3、预测多晶型并识别已知的实验结构接下来，设置Polymorph模块多晶型预测的计算参数。在Project explorer中，打开 OHD-mol VAMP GeomOpt/OHD-mol.xsd 。从菜单栏中选择 Modules | Polymorph | Calculation ...

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Materials Studio官方教程：CCDC模块——Materials Studio和CSD联用【1】

赵建伟 2021-9-26 16:28

目的：说明了Materials Studio与CSD的结合使用。所用模块： Materials Visualizer、Polymorph、VAMP、Forcite、COMPASS 前提条件：绘制简单分子结构的可视化工具（Sketching simple molecules Visualizer）教程介绍剑桥结构数据库（CSD）是一个小分子晶体结构的存储库。它是剑桥晶体数据中心 ...

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Materials Studio官方教程：CASTEP——利用第一性原理预测BN的芯能级谱【2】

赵建伟 2021-9-23 17:13

紧接上文： Materials Studio官方教程：CASTEP——利用第一性原理预测BN的芯能级谱【1】 3、设置芯孔为了模拟芯孔效应，应该创建一个足够大的超晶胞，这样可以减少包含芯孔结构的原子周期性镜像之间的相互作用。然而，大型超晶胞需要消耗较多的计算资源，因此在本教程中使用32个原子（6 Å） ...

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Materials Studio官方教程：CASTEP——利用第一性原理预测BN的芯能级谱【1】

赵建伟 2021-9-22 14:20

目的：介绍CASTEP模块中芯能级谱的功能。所用模块： Materials Visualizer、CASTEP 前提条件：使用crystal builder可视化工具背景密度泛函理论是计算芯能级谱的稳健可靠方法。该技术已应用于许多体系，并取得了良好的效果(Gao et al., 2008)。DFT方法有一定的局限性，利用Bethe-Salpeter方程 ...

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