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GitHub双重身份验证（two-factor authentication, 2FA）解决方案: 黄健 2024-1-27 12:54; 双十二的时候，收到 GitHub 官方的通知邮件，要求我启用双重身份验证（ two-factor authentication, 2FA ）用户。邮件主要内容如下： We're reaching out to let you know that, as announced last year, we have officially begun requiring users who contribute code on GitHub.com to have two-factor auth ...; 个人分类: 科学研究|1139 次阅读|1 个评论

噬菌体展示技术诞生的启示：循序渐进，水到渠成: 热度 1 黄健 2024-1-10 09:03; 噬菌体展示 (Phage Display) 技术之父乔治 · 史密斯 (George P Smith) 教授第一次接触噬菌体是在哈弗福德学院（ Haverford College ）读大学期间。他想挑战抗体产生的模板学说，证明抗体的抗原特异性决定于编码抗体的 mRNA 。于是他用噬菌体 T4 免疫兔子，然后从兔子脾脏提取 RNA ，加入无细胞 ...; 个人分类: 科学研究|6776 次阅读|2 个评论热度 1

AlphaMissense不完全测评报告: 黄健 2023-9-22 09:22; 这两天我的微信群与朋友圈颇有被Google DeepMind团队刚刚在 Science杂志上发表的AlphaMissense 刷屏的趋势，说能精准预测蛋白质错义突变的表型。根据介绍，这个 AlphaMissense既对AlphaFold进行了微调，考虑了蛋白质结构的影响，又整合了一种受 ChatGPT 等大型语言模型启发的神经网络，有蛋白质语言模型的加持。AlphaFo ...; 个人分类: 科学研究|1690 次阅读|没有评论

一桶浆糊的未来科学语言: 热度 1 黄健 2021-9-1 10:07; 记得刘慈欣在他的科幻小说中憧憬人类未来的语言，好像是以汉语和英语为主的混合语言。但就目前现状而言，科学交流的语言仍然是英语主宰，虽然我写过《为科学交流的中文化与多元化尝试点赞》，也希望未来有越来越多的重要发现首先用中文进行报道，甚至最好也让英美朋友与同行们体会一把论文评审中被批中文不规范，需要 ...; 个人分类: 科学研究|3444 次阅读|2 个评论热度 1

破五唯后年终考核的一点建议: 黄健 2020-9-20 08:26; 每年总有那么几次，每次总有那么几天，我们研究小组的网站状态，不是404就是403。只是今年的那么几天实在是长了一点点。从八月中旬一直搞到9月上旬，后来又要延长到据说10月上旬之后。作为一个生物信息学领域的研究小组，保障小组研究网站的可及性应该是从事学术研究与交流的首要需求。然而，面对现实深感无能为力、无可奈 ...; 个人分类: 科学研究|7207 次阅读|没有评论

CRISPR相关英文术语翻译刍议: 热度 2 黄健 2019-6-26 12:04; 噬菌体（Bacteriophage）是感染古菌、细菌等原核生物的病毒。虽然人类发现噬菌体迄今只有短暂的一百多年；但噬菌体与原核生物宿主之间的战争与和平已持续了几十亿年。两者之间的军备竞赛塑造了当今地球的生态系统，它们的恐怖平衡是地球生态平衡的基石。噬菌体结构简单、繁殖迅速，是分子生物学研究的理想的模式生物，相 ...; 个人分类: 科学研究|12662 次阅读|5 个评论热度 2

抗体可开发性：实验筛选方法: 黄健 2018-10-10 09:52; 【本博文围绕Tushar Jain及其同事发表的论文“Biophysical properties of the clinical-stage antibody landscape” （ http://www.pnas.org/content/114/5/944.abstract ），旨在给计算科学工作者就生物物理实验方法做一个非常基础的介绍。】在抗体药物研发中，一个主要的关切是：如何在筛选阶段就能够预测其可开发性 ...; 个人分类: 科学研究|26481 次阅读|没有评论

噬菌体展示：挖掘数据的力量: 热度 3 黄健 2018-10-5 09:12; 当代生物学从某种意义上讲已经成为一门数据科学。在上一篇博客里，我介绍了噬菌体展示实验技术的发展情况。作为呼应，这里我们从数据资源、信号分析及噪声消除等三个方面，对噬菌体展示的生物信息学研究做一个简明扼要的总结与展望。 1、噬菌体展示的数据资源随着噬菌体展示实验技术的发展与广泛应用，产生了大 ...; 个人分类: 科学研究|27364 次阅读|5 个评论热度 3

噬菌体展示：掌控进化的力量: 热度 3 黄健 2018-10-4 08:40; 噬菌体展示（phage display）是一种利用实验室进化，高通量、高内涵地淘选具有特定结合能力的多肽或抗体的分子生物学技术，已广泛用于生物医药、新材料、新能源及环保相关的基础与应用研究中。不少从噬菌体展示文库中筛到的多肽与抗体已开发成为新药。例如：治疗血小板减少的肽体药物罗米司亭（romiplostim, Nplate ...; 个人分类: 科学研究|38837 次阅读|4 个评论热度 3

抗体谱析：可开发性预测之法: 黄健 2018-9-26 09:19; 【黄子按曰】以下文字翻译自赛默飞旗下做实验室信息管理系统等数据管理服务的“核信”（Core Informatics）公司的博客。主要是广告他们为12种抗体测试实验开发了相应的软件。老实说，写得真不咋样。不过，由于我们课题组正在做基于这12种方法数据的抗体可开发性预测软件，所以顺手翻译了。感叹我把课题布置下去都一 ...; 个人分类: 科学研究|18739 次阅读|没有评论

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