置顶 · 升级版|16srRNA微生物多样性测序报告解读

2021-4-1 17:29

微生物多样性测序（扩增子测序）是基于二代高通量测序对16S/18S/ITS等序列进行测序。可以同时检测样本中的优势物种、稀有物种及一些未知物种的检测，获得样本的微生物群落组成以及相对丰度。 相信关注我们的小伙伴对此并不陌生。 这次我们整合了大家平时会遇到的一些问题，在原有的基础上对报告进一步完善。 ...

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置顶 · [转载]多快好省的宏基因组研究技巧 — 资深专家分享

2020-4-27 13:34

谷禾健康 原创 近年的研究热点集中于环境和生物体相互作用的微生物群体，而大量复杂的微生物群体存在培养困难，构成复杂（包括细菌、古菌、真菌、原生生物、病毒甚至小型真核生物）。因此 如何用高通量精准的了解这些群体的构成，基因功能分布以及具体的表达活性和代谢状况 成为首要问题。 高通量测序技术 ...

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置顶 · [转载]微生物多样性测序结果如何看？

隐藏 2019-11-18 14:37

原文 如何读懂和利用你的微生物多样性测序结果？ 谷禾健康 原创 做过16s测序的小伙伴们都知道 测完之后会拿到一份结果报告 但这并不代表可以开始写文章了 看似一大堆数据图表却不知如何下手 这是很多人头疼的地方 那么怎样给报告中的数据赋予灵魂 让它真正成为对你有帮助的分析呢？ 今天我们来详细解 ...

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[转载]乳腺癌和妇科恶性肿瘤辅助化疗后的肠道微生物组成

牛耀芳 2020-10-28 13:27

辅助化疗可导致约三分之一的女性体重增加，葡萄糖耐量下降和高血压。这些事件的潜在机制尚未定义。这项研究评估了乳腺癌和妇科癌症辅助化疗患者的微生物组与体重增加之间的关联。近日发表在《BMC Medicine》上题为“ The intestinal microbiome, weight, and metabolic changes in women treated by adjuvant chemotherapy ...

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最新研究进展 | 行为和神经退行性疾病中的肠道微生物分子

牛耀芳 2020-10-27 15:13

越来越多的证据表明，肠道微生物组会影响大脑的发育和功能。肠脑连接可能是由胃肠道中产生的各种微生物分子介导的，这些微生物分子随后会渗透到许多器官，包括大脑。 动物模型研究确定了从肠道细菌传播到大脑的分子线索，这些线索可能影响神经功能和/或神经发育和神经退行性疾病。 本文描述了已知或疑似神经调节活性 ...

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[转载]时间本身成为一种资源，微生物可以利用它进入新的栖息地

牛耀芳 2020-10-22 15:51

谷禾健康 微生物需要能源和细胞构成的材料。他们还需要使用液态水来达到自然条件，并且细胞损伤率要低于修复。当缺乏资源和自然条件时，微生物通常会进入某种形式的 休眠状态 （例如，通过停止细胞分裂，减慢新陈代谢速度或形成内生孢子），直到它们再次生长。例如，在晚上，营养养分等待太阳回来。在冬季，土壤微生物 ...

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[转载]细菌拮抗作用在细菌生活中的核心作用

牛耀芳 2020-10-20 14:53

谷禾健康 大多数细菌可能存在或至少有一部分时间处于单细胞状态。在这种 单细胞 状态下，细菌将更 容易受到一系列威胁 ，包括其周围环境的物理或化学性质的简单波动，更容易受到更直接的生物威胁，如抗生素、噬菌体、拮抗细菌，甚至是捕食性单细胞真核生物。因此，每一个细菌细胞都必须具备应对这种威胁的能力，微米尺 ...

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[转载]宏基因组的一些坑和解决方案

牛耀芳 2020-10-20 12:15

近年来，随着测序技术的发展，对微生物群（微生物组）的研究逐渐加深，研究热点越来越多集中于环境和生物体相互作用的微生物群。加之测序成本降低，分析技术不断提升，都使得宏基因组测序技术得到广泛应用。 为什么要做宏基因组 宏基因组相对16S来说其物种分辨率会更高，随着物种测序完成越来越多，数据库更加完善 ...

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[转载]城市化减少了空气中微生物，这对我们的健康意味着什么？

牛耀芳 2020-10-12 12:01

背景 目前，全球一半以上的人口居住在城市，到2050年，这一比例预计将增加到70％。 城市为人类带来了各种好处（例如，更大的就业，教育机会以及接触多种文化和食物的机会），但会影响我们与自然的互动。 重要的是，空气质量，建筑物密度，植被和运输路线等城市特征可能会影响健康，部分原因是改变了环境微生物群落（ ...

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[转载]微生物群对三大过敏性疾病发展的影响

牛耀芳 2020-10-9 10:24

在前一篇文章 生命早期微生物接触和过敏风险：如何预防 ，我们已经了解了微生物与过敏之间千丝万缕的联系。从构建微生物开始，到影响微生物的因素，过敏机制的阐述以及预防过敏的措施等都有了基本的认识。 本文将对微生物在过敏性疾病（食物过敏、特异性皮炎、哮喘）中的作用进行逐一介绍，尤其是微生物在儿童食 ...

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[转载]宏观生态规律如何应用于描述微生物群落的多样性和变化

牛耀芳 2020-9-28 11:35

宏观生态学中研究最多的模式是物种分度分布(SAD)，它被定义为具有给定丰度的物种的比例。研究中虽然对SAD进行了高度的研究和表征，但往往忽略了三个不同而独立的变异源对其的影响:采样噪声、个体物种丰度的波动和物种间丰度的变化。最近，发表在《Nature Communications》的一篇文章使用来自许多不同环境的微生物群落的纵 ...

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[转载]肠道菌群的恢复力：定义，与健康的关系以及干预策略

牛耀芳 2020-9-28 09:44

谷禾健康 肠道菌群是健康和疾病的新领域。不仅许多疾病都与微生物群落紊乱有关，而且越来越多的研究指出了其因果关系。在目前我们所知的情况下，很难定义什么是健康的微生物群，这主要是由于个体间的 高度可变性 。那么，“弹性菌群”可用作健康菌群的替代物。此外，肠道菌群是最容易受到环境变化和损害的“器官” ...

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