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- 置顶 · 升级版|16srRNA微生物多样性测序报告解读
- 微生物多样性测序（扩增子测序）是基于二代高通量测序对16S/18S/ITS等序列进行测序。可以同时检测样本中的优势物种、稀有物种及一些未知物种的检测，获得样本的微生物群落组成以及相对丰度。 相信关注我们的小伙伴对此并不陌生。 这次我们整合了大家平时会遇到的一些问题，在原有的基础上对报告进一步完善。 ...
- 置顶 · [转载]多快好省的宏基因组研究技巧 — 资深专家分享
- 谷禾健康 原创 近年的研究热点集中于环境和生物体相互作用的微生物群体，而大量复杂的微生物群体存在培养困难，构成复杂（包括细菌、古菌、真菌、原生生物、病毒甚至小型真核生物）。因此 如何用高通量精准的了解这些群体的构成，基因功能分布以及具体的表达活性和代谢状况 成为首要问题。 高通量测序技术 ...
- 置顶 · [转载]微生物多样性测序结果如何看？
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- 原文 如何读懂和利用你的微生物多样性测序结果？ 谷禾健康 原创 做过16s测序的小伙伴们都知道 测完之后会拿到一份结果报告 但这并不代表可以开始写文章了 看似一大堆数据图表却不知如何下手 这是很多人头疼的地方 那么怎样给报告中的数据赋予灵魂 让它真正成为对你有帮助的分析呢？ 今天我们来详细解 ...
- [转载]深度解析|睡眠健康与肠道健康之间的双向联系
- 今日，两条关于睡眠问题登上热搜。 我国有超3亿人存在睡眠障碍，尤其过去这一年，人们整体入睡时间延迟2-3小时，对睡眠搜索量增长43%，看来睡眠问题正在影响越来越多人。 睡眠是由人脑控制的一种复杂的生理行为过程,与免疫功能同为正常生活所必要的生理机能。睡眠是在漫长的一天之后舒缓和恢复的良好方式 ...
- [转载]MetaGEM：直接从宏基因组重建基因组规模的代谢模型
- 基因组规模代谢网络模型 （Genome-scale metabolic model，GEM），是一种包含了某种 特定生物 或者是 细胞基因组范围代谢反应 ,及其酶及基因关联的 数学模型 。 这里，我们基于文章的描述，介绍一款新软件——MetaGEM。 研究者认为，目前代谢建模的工作流程仍然是倾向于依赖参考基因组作为重建和模拟GEMs的 ...
- [转载]细菌大盘点 | 大肠埃希氏菌、血链球菌、李斯特菌
- 介绍三种菌： 大肠埃希氏菌、血链球菌、李斯特菌。 01 大肠埃希氏菌 Escherichia coli 大肠杆菌是短杆菌，两端呈钝圆形，属 革兰氏阴性 菌，于 1885 年首次被发现。 大肠杆菌是条件致病菌，在一定条件下可以引起多种疾病，如腹泻，肠炎，尿路感染，呼吸道感染、菌血症和其他临床感染（如新生儿脑 ...
- [转载]以呼吸道微生物组研究为例：探索一步或两步PCR方案在16S V3V4与V4基因区域的偏差
- 谷禾健康 迄今为止，已经有了许多对呼吸道微生物组通过16S rRNA高通量测序的研究。这其中所有基于扩增子的研究的共同之处就是PCR的应用： 一是 扩增待测序的目标标记基因 ， 二是 为多样本的混合测序添加必要的索引序列 。 这些步骤可以通过一步PCR或两步PCR完成，但没有研究说明两步PCR方案相关的实验室处理步骤是 ...
- [转载]慢性疾病是可控的！肠道健康如何影响疾病风险
- 现在经济飞速发展，随着生活条件改善，人们的寿命开始变长，对健康长寿的研究也逐渐开始增多。 点击查看关于健康长寿的研究 然而寿命变长却不一定健康，越来越多人开始患上各种慢性疾病。 慢性疾病怎么来的？ 首先从炎症开始。炎症其实是身体在与自身有害的物质（例如感染，毒素）作斗争来自愈的过程。当细胞要 ...
- [转载]肺癌最新研究进展，与肠肺微生物息息相关
- 关于肺癌，可能有以下误解： 你对肺癌了解吗？ 肺癌是第三大常见癌症（占所有癌症的11.6％）。2018年全球诊断209万例以上，死亡170万人。 肺 癌 类 型 肺癌中最常见的类型是非小细胞肺癌(NSCLC)，约占所有病例的80％—85％。 小细胞肺癌(SCLC)约占肺癌的15％—20％。SCLC的增长和传播速度 ...
- [转载]解密|肠道菌群与健康长寿 【跨年礼】
- 这个魔幻的2020已经过去了。面临工作、学习、出行等方方面面一而再地按下暂停键，很多人都希望这一年能够重启。 这一年发生了太多故事 每一个都足以让人痛惜 “活着”、“健康”这样的字眼在这一年显得尤为珍贵。简单的道理往往在经历重大的事件后才会尤为深刻。 古有求仙药，今有各种医疗技术的不断革新，大家对 ...
- [转载]生物系统和疾病的多组学数据整合考虑和研究设计
- 谷禾健康 1 生物系统 生物系统——组成 生物系统很复杂，具有 许多调节功能 ，例如DNA，mRNA，蛋白质，代谢物，以及表观遗传功能（例如DNA甲基化和组蛋白翻译后修饰（PTM））。 这些特征中的每一个都可能 受到疾病 的影响，并引起 细胞信号传导级联和表型 的改变。 除了宿主对疾病的反应调节机制外，微生物组还可以 ...
- 动画简报 | “集天使与魔鬼于一身”的皮肤菌群
- 相关阅读： 牛皮癣看似皮肤病，实则关系到肠道 这7种类型的食物可能引起 “痘痘” 痘痘？粉刺？皮肤问题很可能是肠道问题
- [转载]介绍两款新简单微生物组数据分析平台
- 谷禾健康 随着研究微生物组的需求越来越旺盛，用于微生物组数据分析的平台也越来越多。分享两款最新的微生物组数据分析平台。 01 CoMA 能够处理来自NGS平台的数据，包括Illumina MiSeq，Illumina HiSeq或Illumina NovaSeq，还可以处理以前的454焦磷酸测序技术。CoMA着重于 短读而非长读 ...
