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- 置顶 · 升级版|16srRNA微生物多样性测序报告解读
- 微生物多样性测序（扩增子测序）是基于二代高通量测序对16S/18S/ITS等序列进行测序。可以同时检测样本中的优势物种、稀有物种及一些未知物种的检测，获得样本的微生物群落组成以及相对丰度。 相信关注我们的小伙伴对此并不陌生。 这次我们整合了大家平时会遇到的一些问题，在原有的基础上对报告进一步完善。 ...
- 置顶 · [转载]多快好省的宏基因组研究技巧 — 资深专家分享
- 谷禾健康 原创 近年的研究热点集中于环境和生物体相互作用的微生物群体，而大量复杂的微生物群体存在培养困难，构成复杂（包括细菌、古菌、真菌、原生生物、病毒甚至小型真核生物）。因此 如何用高通量精准的了解这些群体的构成，基因功能分布以及具体的表达活性和代谢状况 成为首要问题。 高通量测序技术 ...
- 置顶 · [转载]微生物多样性测序结果如何看？
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- 原文 如何读懂和利用你的微生物多样性测序结果？ 谷禾健康 原创 做过16s测序的小伙伴们都知道 测完之后会拿到一份结果报告 但这并不代表可以开始写文章了 看似一大堆数据图表却不知如何下手 这是很多人头疼的地方 那么怎样给报告中的数据赋予灵魂 让它真正成为对你有帮助的分析呢？ 今天我们来详细解 ...
- [转载]肠道菌群健康检测报告——常见问题解析
- 本文原创：谷禾健康 在持续的肠道菌群检测实践过程中，我们收到很多新的问题反馈和对肠道菌群检测在具体问题中的疑问。在此谷禾基于长期和大规模样本群的经验以及实验分析，对部分常见问题进行汇总和整理。 一次肠道菌群检测好比一场健康考试，你拿到报告的那一刻，等同于拿到了你考的那张卷子，那么你 ...
- [转载]新方法工具 | 标准化注释细菌基因组
- 在细菌全基因组测序数据分析中， 区域 (regional)和 功能注释 已经成为常规操作。一个 完整的基因组注释 是下游分析的基础，而注释的 准确性和全面性 往往影响研究结果。 最近来自德国一个生物信息学团队们开发了 Bakta ，一款新的命令行工具， 用于自动化和标准化的细菌基因组注释 。该文章最 ...
- [转载]人类微生物组研究报告——规范流程
- 人类微生物组的变化与许多疾病和健康状况有关 。然而， 看懂 人类微生物组研究结果的 报告具有挑战性 ，因为它通常 涉及微生物学、基因组学、生物医学、生物信息学、统计学、流行病学 等领域的方法。 人类微生物组的研究与其他类型的分子流行病学研究具有许多共同特征，但它们也 需要独特的考虑因素 ，具有自己 ...
- [转载]存疑 | 《CELL》最新研究：自闭症与肠道菌群
- 自闭症谱系障碍是一种神经发育疾病，其特征是 社交和沟通困难 、 限制性和重复性行为 以及 异常的感觉反应 。 自闭症的具体发病机制尚不能明确，但目前为止许多研究表明，自闭症与肠道微生物组之间存在很大关联性。 最新，Yap等人发表于Cell的一篇题为“Autism-related dietary preferences mediate ...
- [转载]微生物组和组学成分数据分析之ALR对数转换
- 微生物组和组学数据集 ，由于其生物学性质，通常是 高维的 ，特征常以各种成分，如 基因、OTU、RNA转录本 等的计数为特征。这些数据统称为 成分数据 。 这类数据分析的 中心概念是对数转换 ，而其中最简单的策略是 ALR （Additive log ratio）方法。对于高维数据，ALR方法有一下几个特点： (a) ...
- [转载]你的焦虑可能与食品添加剂有关，警惕食品添加剂引起的微生物群变化
- 有没有发现我们吃的食品正在变得越来越鲜艳，让人有食欲，“低脂”、“无糖”等字眼出现的频率越来越高，然而这其中必然会用到各类食品添加剂，如防腐剂，甜味剂，乳化剂，着色剂，香料等等。 可以看到孩子们喝的牛奶都是纯白无瑕的，事实上天然牛奶往往没有那么白；孩子们吃的五颜六色的糖果，糕点等也会结合一些 ...
- [转载]肠道菌群失衡的症状、原因和自然改善
- 肠道菌群是居住在 肠道中各种微生物 。微生物群的建立甚至在 个体出生之前 就开始了，随着时间的 推移而改变 ，并在体内 持续存在 ，直到 个体死亡 。这些微生物群的组成是宿主特定的，在个体的 一生中不断进化 ，并且容易受到 各种因素 的影响。 胎龄、分娩方式、饮食（母乳与配方奶）、卫生、抗生素，激素、疾病、衰 ...
- [转载]当我们谈“便便”时，谈些什么？
- 写在前面 排便行为虽然是人类普遍存在的经历，但我们一般很少提及这个生理过程，开启“便便”这个话题并不是容易的事。如果可以抛开偏见，厌恶或者羞耻感，或许你可以尝试去了解更多这方面相关知识。如果这些知识能够普及更多人，或许世界上可以少一些胃肠道疾病患者。 “ 本文试着从排便解剖学、排 ...
- [转载]微生物群在婴儿健康中的作用：从早期到成年
- 从 生命早期到成年 ， 微生物群 对婴儿的健康起着至关 重要 的作用。生命早期的微生物群不仅是婴儿健康的关 键调节剂 ，而且与 长期健康有关 。 怀孕到生命早期 是婴儿微生物群建立的 黄金时期 ，受环境和遗传因素的影响。 最近，关于微生物群在人类疾病中作用的研究 呈爆炸式增长 ，但在疾病或健康方面的 应用相对 有 ...
- [转载]细菌素——对抗感染、保存食品、重塑肠道菌群
- 近年来， 多重耐药病原体 数量的 增加 以及食品安全已成为 全球面临的严重问题 ，寻找或开发 新一代抗菌药物或保存剂 变得越来越重要。科学家们发现 细菌产生的细菌素 ，能够控制临床相关的 敏感菌和耐药菌， 纯化的细菌素 可以作为 天然防腐剂或保存剂 添加到 食品 中。细菌素可以作为 抗病原体添加剂 添加到动物 ...
