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ggplot2调整X轴标签顺序
周运来 2018-8-2 08:02
Create test data group = c(rep(A, 3), rep(B, 6), rep(C, 5),rep(D, 4)) value-c(rnorm(3,mean=1,sd=4),rnorm(6,mean=0,sd=1),rnorm(5,mean=2,sd=2),rnorm(4,mean=5,sd=1)) tt.data-data.frame(group,value) head(tt.data) Now plot library(ggplot2) ggplot(tt.data,aes(grou ...
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数量生态学笔记||关于层次聚类
周运来 2018-7-28 13:47
本周开始我们的《数量生态学笔记》的第四章:聚类分析。聚类分析又称群分析,它是研究(样品或指标)分类问题的一种统计分析方法,同时也是数据挖掘的一个重要算法。在生态学研究当中,聚类的目的是识别环境中不连续对象的子集。实际上,聚类分析是所研究对象集合的分组。 需要注意大部分聚类方法都是基于 关联矩阵 ...
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数量生态学笔记||R模式
周运来 2018-7-24 21:01
在上节课 数量生态学笔记||Q模式 中我们了解了比较对象对的Q模式,换句话说我们用了各式各样的距离。请大家结合自己的学习学习为什么对象对之间要用 距离 而不是相关呢? 今天我们来学习一下生态学中比较多变量对的关联测度,也就是 相关 类型的系数。 R模式:物种多度数据 相关系数 卡方距离 # 加载所需程序 ...
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数量生态学笔记||Q模式
周运来 2018-7-22 17:42
好了,回到我们《数量生态学》课堂上来。 数量生态学笔记||绪论 数量生态学笔记||数据探索 数量生态学笔记||物种数据转化 在进行了简单的数据探索之后,在对数据进行了符合模型的计算之后,是不是马上可以绘制Nature Science上面的高颜值图表了呢?在这之前我们还有一段路线要走,要记住我们关注的始终是 生态 ...
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当宏基因组遇见宏蛋白组
周运来 2018-7-18 22:17
好了,让我们持续关注肠道微生物菌群(gut microbiota ,GM)。 众所周知,目前研究宏基因组最常用方法的是扩增子、和全基因组测序。虽然方法简单高效,但缺点也是显示易见的。比如只针对DNA为研究对象,这样无法判断研究对像是否还活着,连上百万年的化石都会有DNA保存下来可以测序。 要想逼近真想我们还有很长的路下 ...
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怎样在这样的硕导手下做一个好硕士?
热度 1 周运来 2018-7-16 22:10
周围的同学似乎都有一个抱怨环境的习惯,具体原因不详。他们总是说“你们环境真好,我们那就是个坑”。想想我和自己环境的关系,虽然不是如此,说实话,我也不知道怎样在老师的手下做一个好学生。是学生们“这山望着那山高”?还是师生之间缺少必要的交流?我不知道。根据几个同学的描述,在此归纳归哪几种类型的 ...
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数量生态学笔记||物种数据转化
周运来 2018-7-16 21:58
其实在上节课 数量生态学笔记||数据探索 中我们已经简单接触了数据的转化,我们为了使不同刚量的数据能在一起比较使用了标准化。在数据分析的过程中,经常要根据分析的需要对数据进行转化,以符合模型的内在需要。 要知道我们采集来的一手数据有时会带有我们的 采集痕迹 有时这种痕迹可能会掩盖问题的实质。我们常常 ...
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数量生态学笔记||数据探索
周运来 2018-7-16 20:03
上节课 数量生态学笔记||绪论 我们简单了解《数量生态学》的基本内容,特别介绍了书中用到的数据集Doubs、甲螨数据集。关于R并未做过多的介绍,因为这是一本生态学的书。但是关于学习方法我推荐一种 卡片学习法 : 将知识点整理在一个小的可用随身携带的卡片上,可以随时翻阅,可以建立链接。也就是学习就像拼图,在 ...
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