科学网—tuqiang2014的博文

环境与生态统计||置信区间的估计

周运来 2019-1-12 11:06

经典统计学的核心思想就是用样本（我们所能采集到的数据，如总磷浓度，TP）去估计总体（关于总体情况的描述）；总体的参数是未知的，不可测度或难以测度，注意它是固定了的数值；我们采集了有限的TP，而且在前人研究的基础上已知一个生态系统中TP可以被近似为对数正态分布，那么剩下的工作就是要估计分布的对数均值和对 ...

4102 次阅读|没有评论

统计推断概述

周运来 2019-1-12 11:05

什么是统计推断对于要做统计推断的人来讲，这个问题似乎显得多余，他们往往关心怎样做统计推断。这也许可以窥得发展中国家在经济增长中的一个弊端：知其然，不知其所以然。因为别人已经做出来了嘛，我管那么多干嘛，先做出来再讲！然而，核心科技我们还是要掌握的。我们经常讲概率统计，概率统计，这并不是一个词 ...

15387 次阅读|没有评论

环境与生态统计||假设检验

周运来 2019-1-12 11:02

假设检验也叫显著性检验，是以小概率反证法的逻辑推理，判断假设是否成立的统计方法，它首先假设样本对应的总体参数（或分布）与某个已知总体参数（或分布）相同，然后根据统计量的分布规律来分析样本数据，利用样本信息判断是否支持这种假设，并对检验假设做出取舍抉择，做出的结论是概率性的，不是绝对的肯定或否定。 ...

6652 次阅读|没有评论

环境与生态统计||统计建模概述

周运来 2019-1-12 11:00

什么是统计建模统计建模是以计算机统计分析软件为工具，利用各种统计分析方法对批量数据建立统计模型和探索处理的过程，用于揭示数据背后的因素，诠释社会经济以及自然现象，或对经济社会以及自然发展作出预测或判断。预测和判断是我们做数据分析的首要任务，这里所讲的模型，是指对于某个实际问题或客观事物、规律 ...

4090 次阅读|没有评论

ggplot2：方差分析多重比较标注显著字母

周运来 2018-12-16 11:51

赖江山老师在科学网分享了Francois Gillet编写的两个方差分析多重比较的函数 boxplert()和boxplerk()【来源Numerical Ecology with R (second Edition)】我看了一下出图的部分是用boxplot函数绘制的，作为一个ggplot2的爱好者自己尝试着用ggplot2把函数boxplert()重新写了一下。在重写的过程中收获几个问题: X 轴如何 ...

7543 次阅读|没有评论

R语言实现桑基图绘制

周运来 2018-12-10 15:32

什么是桑基图桑基图（Sankey diagram），即桑基能量分流图，也叫桑基能量平衡图。它是一种特定类型的流程图，图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小，比较适用于用户流量等数据的可视化分析。因1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名，此后便以其名字命名为“桑基图”。用 ...

16249 次阅读|没有评论

ggtree绘制进化树

热度 1 周运来 2018-12-4 14:12

setwd(C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\tree) library(ggtree) library(ggplot2) tree - read.tree(species.tree) ggtree(tree,layout = circular) ggtree(tree, layout=fan, ladderize = FALSE, branch.length = none)+ geom_tiplab2(si ...

8570 次阅读|1 个评论热度 1

三元相图理解以及R实现

周运来 2018-12-4 14:09

什么是三元相图三元图是重心图的一种，它有三个变量，但需要三者总和为恒定值。在一个等边三角形坐标系中，图中某一点的位置代表三个变量间的比例关系。在群体遗传学中，它被称做Finetti图；在博弈论中，常被称为simplex图。在高通量测序分析领域中，最常用的是两组间的比较，展示的方式有火山图、曼哈顿图等， ...

13203 次阅读|没有评论

NGS通识第零讲||NGS通识

周运来 2018-11-24 09:25

一些历史学家发现，当现有的知识或新兴技术积累到充裕的程度时，会有很多不同的研究者同时专研一个科学问题并同时产生新的发现。开始在简书以通识课的形式讲下一代测序（next-generation sequencing，NGS）的知识了。在有的框架里面NGS专指二代测序，但是在我们这个框架里，主要指二代测序，但是一代二三代的都会有涉及 ...

2437 次阅读|没有评论

环境与生态统计笔记||绪论

热度 1 周运来 2018-10-21 22:48

在上一本《数量生态学：R语言应用》将要结束的时候，我就开始物色下一本可以按章节更新笔记的书籍。这时排在我面前的是三本书：《机器学习实战》，《环境与生态统计：R语言应用》、《网络数据的统计分析：R语言实践》。《机器学习实战》是早就想写的了，毕竟那么高大上的东西，是不想早点靠近呢，何况还是python那么美的 ...

4204 次阅读|4 个评论热度 1

帐号		自动登录	找回密码
密码			注册

关闭 安全验证

tuqiang2014

关闭安全验证