扩增子分析软件QIIME2 必知必会

周运来 2018-8-16 08:40

扩增子一站式分析平台QIIME nature||qiime 2018年1月QIIME2全面接档QIIME1 极简操作 source activate qiime2 qiime tools import --type 'SampleData ' --input-path ../test-paired-end-demultiplexed --source-format CasavaOneEightSingleLanePerSampleDirFmt - ...

13671 次阅读|没有评论

数量生态学笔记||非约束排序||PCoA

周运来 2018-8-14 22:32

主坐标分析（Principal Coordinates Analysis ,PCoA, =Classical Multidimensional Scaling ，cMDScale）是一种探索和可视化数据相似或不同之处的方法。它从一个相似矩阵或相异矩阵（=距离矩阵）开始，并在一个低维度空间中为每个对象分配一个位置。 PCoA能够将样本之间的相似性距离（虚拟距离），经过投影后，在低维 ...

5647 次阅读|没有评论

数量生态学笔记||非约束排序||CA

周运来 2018-8-11 22:33

长期以来，对应分析（Correspondence analysis ，CA）是分析物种有无或多度数据最受欢迎的工具之一。原始数据首先被转化成一个描述样方对对Pearson 卡方统计量的贡献率的矩阵，将获得的矩阵通过 奇异值分解（SVD） 技术进行特征根和特征向量的提取。因此，CA的排序结果展示的是 样方之间的卡方距离 ，而不是欧式 ...

3372 次阅读|没有评论

数量生态学笔记||非约束排序||PCA

热度 1 周运来 2018-8-11 12:40

看到本笔记系列的名字么？：R在数量生态学中的应用—矩阵·度量·聚类·排序·空间。其实到排序这一部分已经算是接近尾声了，因为空间分析哪一部分我打算放弃，目前的生态数据规模很少有空间数据。接下来，搬好小板凳，咱们好好讲讲排序。 如果说聚类分析的目的在于寻找数据的间断性，那么排序（ordination）的目的就 ...

6351 次阅读|2 个评论 热度 1

数量生态学笔记||模糊聚类

周运来 2018-8-7 20:28

使用cluster程序包内Fanny（）函数进行c-均值模糊聚类。 在传统的聚类结果中，每个对象只能分配给唯一的一个组，然而，c-均值聚类结果不同，一个对象可以赋予不同的组，对象与组之间的归属度可以通过成员值（membership value.）衡量。 rm(list = ls()) setwd(D:\\Users\\Administrator\\Desktop ...

2508 次阅读|没有评论

数量生态学||多元回归树

热度 1 周运来 2018-8-7 19:58

多元回归树（Multivariate Regression Trees，MRT）是单元回归树的拓展，是一种对一系列连续型变量递归划分成多个类群的聚类方法，是在决策树(decision-trees)基础上发展起来的一种较新的分类技术。其目的是在定量或分类解释变量的控制下递归划分一个定量变量。这样的分类方式有时也称为 约束聚类或者导向聚类 。同一 ...

4097 次阅读|3 个评论 热度 1

数量生态学笔记||聚类物种关联

周运来 2018-8-3 23:11

组内数据简单统计 对聚类结果获得的样方组进行简单统计（如平均多度），寻找每个样方组数量最多，频度最高或最具代表性的物种。 # 加载所需的程序包 library(ade4) library(vegan) # 应该先加载ade4后加载vegan以避免冲突 library(gclus) library(cluster) library(RColorBrewer) library(labdsv) lib ...

3722 次阅读|没有评论

ggplot2调整X轴标签顺序

周运来 2018-8-2 08:02

Create test data group = c(rep(A, 3), rep(B, 6), rep(C, 5),rep(D, 4)) value-c(rnorm(3,mean=1,sd=4),rnorm(6,mean=0,sd=1),rnorm(5,mean=2,sd=2),rnorm(4,mean=5,sd=1)) tt.data-data.frame(group,value) head(tt.data) Now plot library(ggplot2) ggplot(tt.data,aes(grou ...

12959 次阅读|没有评论

数量生态学笔记||R模式

周运来 2018-7-24 21:01

在上节课 数量生态学笔记||Q模式 中我们了解了比较对象对的Q模式，换句话说我们用了各式各样的距离。请大家结合自己的学习学习为什么对象对之间要用 距离 而不是相关呢？ 今天我们来学习一下生态学中比较多变量对的关联测度，也就是 相关 类型的系数。 R模式：物种多度数据 相关系数 卡方距离 # 加载所需程序 ...

3760 次阅读|没有评论

本页有 1 篇博文因作者的隐私设置或未通过审核而隐藏