科学网—tuqiang2014的博文

环境与生态统计||统计建模概述

周运来 2019-1-12 11:00

什么是统计建模统计建模是以计算机统计分析软件为工具，利用各种统计分析方法对批量数据建立统计模型和探索处理的过程，用于揭示数据背后的因素，诠释社会经济以及自然现象，或对经济社会以及自然发展作出预测或判断。预测和判断是我们做数据分析的首要任务，这里所讲的模型，是指对于某个实际问题或客观事物、规律 ...

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ggplot2：方差分析多重比较标注显著字母

周运来 2018-12-16 11:51

赖江山老师在科学网分享了Francois Gillet编写的两个方差分析多重比较的函数 boxplert()和boxplerk()【来源Numerical Ecology with R (second Edition)】我看了一下出图的部分是用boxplot函数绘制的，作为一个ggplot2的爱好者自己尝试着用ggplot2把函数boxplert()重新写了一下。在重写的过程中收获几个问题: X 轴如何 ...

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R语言实现桑基图绘制

周运来 2018-12-10 15:32

什么是桑基图桑基图（Sankey diagram），即桑基能量分流图，也叫桑基能量平衡图。它是一种特定类型的流程图，图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小，比较适用于用户流量等数据的可视化分析。因1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名，此后便以其名字命名为“桑基图”。用 ...

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ggtree绘制进化树

热度 1 周运来 2018-12-4 14:12

setwd(C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\tree) library(ggtree) library(ggplot2) tree - read.tree(species.tree) ggtree(tree,layout = circular) ggtree(tree, layout=fan, ladderize = FALSE, branch.length = none)+ geom_tiplab2(si ...

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三元相图理解以及R实现

周运来 2018-12-4 14:09

什么是三元相图三元图是重心图的一种，它有三个变量，但需要三者总和为恒定值。在一个等边三角形坐标系中，图中某一点的位置代表三个变量间的比例关系。在群体遗传学中，它被称做Finetti图；在博弈论中，常被称为simplex图。在高通量测序分析领域中，最常用的是两组间的比较，展示的方式有火山图、曼哈顿图等， ...

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NGS通识第零讲||NGS通识

周运来 2018-11-24 09:25

一些历史学家发现，当现有的知识或新兴技术积累到充裕的程度时，会有很多不同的研究者同时专研一个科学问题并同时产生新的发现。开始在简书以通识课的形式讲下一代测序（next-generation sequencing，NGS）的知识了。在有的框架里面NGS专指二代测序，但是在我们这个框架里，主要指二代测序，但是一代二三代的都会有涉及 ...

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环境与生态统计笔记||绪论

热度 1 周运来 2018-10-21 22:48

在上一本《数量生态学：R语言应用》将要结束的时候，我就开始物色下一本可以按章节更新笔记的书籍。这时排在我面前的是三本书：《机器学习实战》，《环境与生态统计：R语言应用》、《网络数据的统计分析：R语言实践》。《机器学习实战》是早就想写的了，毕竟那么高大上的东西，是不想早点靠近呢，何况还是python那么美的 ...

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数量生态学笔记||典范排序概述

热度 1 周运来 2018-8-29 22:07

起了个大早做这张导图，不知道会不会吓到大家。有一周没有更新我们的《数量生态学笔记》了，因为这一章还是蛮有难度的，书中就是说这一章我们来讲典范排序，然后就直接讲RDA了。看RDA一会排序一会回归，书中的每一个汉字都认识，放在一起的一个句子就不懂了。这基本上就是我的一个状态，所以就没更新。本来以为只要多 ...

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人类口腔微生物组数据库（eHOMD）简介

周运来 2018-8-24 18:43

随着人体微生物组项目的开展，对人体口腔微生物组的研究也日渐增多，NIH牙颅颌面研究所（national institute of dental and craniofacial re - search，NIDCR）于2008年启动了第一个口腔微生物组综合数据库——人体口腔微生物组数据库（human oral microbiome database，HOMD）。HOMD于2008年3月25日正式对公众开放 ...

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数量生态学笔记||非约束排序|NMDS

热度 1 周运来 2018-8-18 18:52

非度量多维尺度分析（Non-metric multidimensional scaling,NMDS）是间接梯度分析方法，其基于距离或不相似矩阵产生排序。与尝试最大化排序中的对象之间的方差或对应关系的方法不同，NMDS试图尽可能接近地表示低维空间中的对象之间的成对不相似性。可以使用任何相异系数或距离度量来构建用作输入的距离矩阵。 NMDS是 ...

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