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转录组测序分析中cufflinks的使用及问题详解

2014-11-29 21:16

在转录组高通量测序数据分析过程中，主要就是转录本的构建（拼接）及表达水平的衡量，其次还包括可变剪接之类的转录后修饰等研究分析。因此，做过RNA-seq转录组测序数据分析的童鞋们一定使用过或至少听说过 Cufflink s 这个软件。 Cufflinks是加利福尼亚大学伯克利分校数学和计算机生物实验室，由Lio ...

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Trinity的安装与使用

2014-9-25 21:17

一、 Trinity简介 Trinity ，是由 the Broad Institute 开发的转录组 de novo 组装软件，由三个独立的软件模块组成： Inchworm , Chrysalis 和 Butterfly 。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。Trinity的简要工作流程为： Inchworm: 将RNA-seq的原始reads数据组装成Unique序列； Ch ...

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Cufflinks的安装与使用

2014-9-25 20:57

一. 简介 Cufflinks 下主要包含 cufflinks,cuffmerge,cuffcompare 和 cuffdiff 等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。 二. 安装 Cufflinks 下载网页 。 1. 为了安装 Cufflinks ，必须有 Boost C++ libraries 。下载 Boost 并安装。默认安装在 ...

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