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转录因子数据库汇总

热度 1 2018-2-23 17:38

1.TRANSFAC: The Transcription Factor Database http://gene-regulation.com/pub/databases.html#transfac 2.JASPAR: The high-quality transcription factor binding profile database http://jaspar.genereg.net/ 3.UniPROBE: transcription factor binding site matrices based on the universal protein bindin ...

个人分类: 【数据库】|21608 次阅读|6 个评论 热度 1

用R进行相关性分析

2018-2-1 19:10

##数据类型：（行）为基因名，（列）为每个样本的表达量。 ##################################### 代码如下： ############ library(pheatmap) #加载pheatmap包 data=read.table(test.txt,header=T,row.names = 1,sep=\t) #读入数据 matrix=cor(data) #计算相关系数 write.table(matrix,coefficient_matr ...

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bioRxiv.org ----- the preprint server for Biology

2018-1-25 16:54

BioRxiv-----生命科学预印本网站 https://www.biorxiv.org/

个人分类: 【数据库】|4034 次阅读|1 个评论

R常用包分类汇总

2018-1-9 23:51

机器学习 nnet，rpart，gbm, kernlab, mboost, randomForest ,tree，party，lars，boost，e1071，BayesTree，gafit，arules； 聚类分析 基于划分的方法: kmeans, pam, pamk, clara 基于层次的方法: hclust, pvclust, agnes, diana 基于模型的方法: mclust 基于密度的方法: dbscan ...

个人分类: 【技术-可视化】|3725 次阅读|没有评论

qPCR引物序列查询数据库

2018-1-9 23:36

荧光定量PCR是我们检测RNA表达最常见的实验室四大技术之一，其中引物序列的设计是大家常常遇到的问题，今天我们来介绍几个常用的查询PCR引物序列的数据库。 1. Primerbank： https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/ 这个使用起来比较简单，物种只有人和小鼠两个，可以直接根据基因名进行查询： 也可以根据 ...

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