用R语言绘制韦恩图

熊朝亮 2016-4-24 10:54

R语言是一个非常强大的工具，能画出各种非常漂亮的图。韦恩图是发表论文中经常要用到的图形之一，本文将介绍如何利用R语言的VennDiagram包来绘制韦恩图。 1.VennDiagram包在线安装 install.packages(“VennDiagram”) 2.加载grid包 library(grid) 3.加载VennDiagram软件包 library(VennDiagram) ...

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R绘制火山图

熊朝亮 2016-4-24 10:38

火山图 （ Volcano Plot ）在一张图中显示了两个重要的指标（ Fold change/p-Value ），可以非常直观且合理地筛选出在两样本间发生差异表达的基因。 检验分析出两样本间显著差异表达的基因后，以 log2 （ fold change ）为横坐标，以 T 检验显著性检验 P 值的负对数 -log10 （ P-valu ...

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circos图的绘制

熊朝亮 2015-1-7 19:54

教程：http://circos.ca/tutorials/lessons/ 数据文件下载：http://circos.ca/tutorials/lessons/configuration/data_files/

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用R做heatmap图(附代码)

熊朝亮 2014-12-3 22:35

众所周知，R是统计分析大师，拥有大量开源的包，同时R也是一个绘图大师，只不过它的各种参数让小白们头疼。今天就给大家介绍一下如何用R做芯片表达数据的heatmap图（PS：当然可以用于其他数据）。 代码如下图：我主要用了heatmap.2函数,来自gplots包，该包不需要特异加载。（下面的代码中还贴了用limma包筛选差异表达 ...

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使用UCSC和IGV查看reads在基因组上分布情况

熊朝亮 2014-12-2 20:39

如果想要查看reads在基因组上的情况，可选用以下两种方法(当然方法很多，在此仅列举以下两种)： 1.UCSC 2.IGV(Integrative Genomics Viewer) 以上两种方法均可以以多种格式的文件作为inFile，下面以BAM格式的inFile为例: （一）UCSC(适用于查看文件不太大的inFile中reads在基因组上的分布情况) 首先从R ...

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