查看linux下已设置好的环境变量所在路径的方法

熊朝亮 2014-12-2 20:00

要想查看linux下已设置好的环境变量所在路径可用以下方法: $ which + 环境变量的名字

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bam 转 bedgraph

熊朝亮 2014-11-30 00:19

有两种方法可以将bam转成bedgraph 方法1: samtools view my.bam my.sam wiggles my.sam my.wiggles.bedgraph 方法2: samtools sort my.bam my.sorted.bam genomeCoverageBed -bga -ibam my.sorted.bam -g chrom.sizes my.bedtools.bedgraph

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bed 转 bam/sam ?

熊朝亮 2014-11-30 00:17

bed如何转 bam/sam？？？ 可用bedtools的bedToBam： $ bedToBam Program: bedToBam (v2.12.0) Author: Aaron Quinlan (aaronquinlan@gmail.com) Summary: Converts feature records to BAM format. Usage: bedToBam -i bed/gff/vcf -g genome Options: ...

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如何将多个Bed文件进行合并？

熊朝亮 2014-11-29 23:54

假如有1.bed, 2.bed, 3.bed,如何对这三个bed文件进行合并，去掉冗余的条目，得到一个并集all.bed？ 答案是 bedtools的mergeBed $ mergeBed -h Tool: bedtools merge (aka mergeBed) Version: v2.16.2 Summary: Merges overlapping BED/GFF/VCF entries into a single interval. Usage: bedtools merge -i ...

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测序分析中常用文本格式之间的转换

熊朝亮 2014-11-29 23:43

1. gtf 与 Bed 的互相转换, 两者都是基因注释文件，gtf的一行表示一个exon，多行表示一个基因。而bed的一行表示一个基因。 $ perl gtf2Bed.pl $gtfFile $bedFile $ sh bedToGtf.sh $bedFile $gtfFile gtf2Bed.pl bedToGtf.sh 2. 利用bed从基因组上取fasta $twoBitToFa -bed=$bedFile ...

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