md5的使用

熊朝亮 2015-9-6 16:26

测序完成之后，测序公司将数据返还给客户，除了fastq文件外，还有一个md5文件。那么，问题来了，这个md5究竟是个什么鬼？ 下面是来自百度的关于md5的解释： “ MD5即Message-Digest Algorithm 5（信息-摘要算法5），用于确保信息传输完整一致。是计算机广泛使用的杂凑算法之一（又译摘要算法、哈希算法），主流编程语 ...

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如何去除测序数据中的接头和低质量的reads？

热度 4 熊朝亮 2015-8-20 10:48

高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data，通常测序公司在将数据返还给客户之前会做“clean”处理，即得到clean_data。然而，这些 clean_data是否真的“clean”呢？ 首先，我们应该做一下质控。如果质控不合格，就需要一些处理，比如去接头、去除量的reads。 （1）去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面 ...

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shell： 统计当前目录下文件数/文件夹数

熊朝亮 2014-12-10 14:40

Linux下查看当前目录下文件的个数 ls -l | grep “^-” | wc -l 查看当前目录下文件的个数，包括子目录里的 ls -lR| grep “^-” | wc -l 查看某目录下文件夹（目录）的个数，包括子目录里的。 ls -lR| grep “^d” | wc -l 简要说明： ls -l 长列表输出该目录下文件信息(注 ...

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