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表达谱数据常用标准化方法汇总

2016-4-24 11:33

在获得一套高通量数据例如表达谱数据，我们往往需要对数据进行一定的标准化处理。数据的标准化（normalization）是将数据按比例缩放，使之落入一个小的特定区间。在某些比较和评价的指标处理中经常会用到，去除数据的单位限制，将其转化为无量纲的纯数值，便于不同单位或量级的指标能够进行比较和加权。其中最典型的就是0- ...

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用R绘制饼图

2016-4-19 19:16

在日常生活中，饼图以一种非常简单明了的方式经常出现在我们的视野中，因此，该种图形的展现形式也被沿用到了生物信息分析结果的可视化图形中，下面主要介绍用R语言代码轻松实现画不同类型的饼图——平面和立体的饼图。 详细过程步骤： （以基因功能和个数为例，步骤1-2为画平面和立体饼图同样的操作） 1. 准备饼 ...

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用R做heatmap图，附代码~

2016-4-19 17:23

众所周知，R是统计分析大师，拥有大量开源的包，同时R也是一个绘图大师，只不过它的各种参数让小白们头疼。今天就给大家介绍一下如何用R做芯片表达数据的haatmap图（PS：当然可以用于其他数据）。 代码如下图：我主要用了heatmap.2函数,来自gplots包，该包不需要特异加载。（下面的代码中还贴了用limma包筛选差异表 ...

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vim的使用方法详解

2016-4-19 17:14

从事生物信息学的同事们肯定都会有使用 Linux 。而在这个系统下，初学者肯定会觉得在上面进行文本编辑很麻烦。但是等你都已经熟悉了这些操作之后，能够给你带来多大的方便呢，大家就看看下面的介绍吧。 用 Linux 的朋友一定会使用到 Vim 这个文本编辑器，它是由 Vi 发展而来的编辑器，其具有代码补齐、编译 ...

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