miRanda的安装:
软件下载链接：http://www.microrna.org/microrna/getDownloads.do
1.下载；

 
2.解压与安装；
tar zxvf miRanda.tar.gz
./configure --prefix=/leofs/noncode/xcl/tools/miRanda
make install

miRanda的使用：
1.输入文件的准备(miRNA的fasta文件;mRNA的fasta文件)；
2.软件的使用；
/leofs/noncode/xcl/tools/miRanda/bin/miranda miRNA.fa mRNA.fa > miRNA_targeted_prediction.txt
3.从中提取出关键信息；
grep '>' miRNA_targeted_prediction.txt > miRNA_targeted_prediction_v1.txt

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miRNA的靶点预测工具很多，这里仅仅介绍miRanda的使用。