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[转载]杂合率检验
2021-4-6 16:48
笔记 GWAS 操作流程2-5:杂合率检验 育种数据分析之放飞自我 2020-04-21 20:57:42 1179 收藏 6 分类专栏: GWAS 版权 一般自然群体,基因型个体的杂合度过高或者过低,都不正常,我们需要根据杂合度进行过滤。偏差可能表明样品受到污染,近亲繁殖。我们建议删除样品杂合率平均值中偏离±3 SD的个体。 ...
个人分类: whole genome sequencing analysis|1072 次阅读|没有评论
[转载]gwas snp 和_笔记 | GWAS 操作流程2-1:缺失质控
2021-3-30 15:14
「主要介绍」 ❝ --geno筛选个体; --mind筛选SNP ❞ GWAS分析时,拿到基因型数据,拿到表型数据,要首先做以下几点: 1,查看自己的表型数据,是否有问题 2,查看自己的基因型数据,是否有问题 然后再进行建模,得到显著性SNP以及可视化结果。 清洗数据的时间占80%的时间,有句话这样讲:“G ...
个人分类: whole genome sequencing analysis|1117 次阅读|没有评论
[转载]Burden test 符合检验 burden analysis
2021-3-24 22:19
Burden analysis定义 中文可翻译为负荷检验,对于复杂疾病研究的传统的关联分析都是基于位点的case-control法,寻找疾病组和正常对照组之间存在显著性频率差异的位点。而Burden analysis作为一种统计算法,则是将位于某一基因(或是和某一代谢途径相关的基因组区域,或是任意指定的某一基因组区域)内的变异位点放在 ...
个人分类: whole genome sequencing analysis|1713 次阅读|没有评论
[转载]常见疾病-常见变异假 CD-CV
2021-3-24 10:53
常见疾病-常见变异假说 编辑 讨论 上传视频 本词条缺少 概述图 ,补充相关内容使词条更完整,还能快速升级,赶紧来 编辑 吧! 1997年Collins等提出了“常见疾病,常见变异” 的假说,认为常见复杂疾病的易患性是由于人群中某些位点,特别是在 基因编码区 或调控区的常见变异引起的。 ...
个人分类: whole genome sequencing analysis|968 次阅读|没有评论
[转载]常见突变和罕见突变
2021-3-24 10:42
GWAS的困境——CommonorRareVariants? (2015-07-12 21:43:24) 转载 ▼ 标签: gwas 疾病 稀有突变 非加性遗传 表观遗传 分类: GWAS 我们知道GWAS有一个假设:common disease common variant(CDCV)hypothesis,即认 ...
个人分类: whole genome sequencing analysis|1257 次阅读|没有评论
[转载]次要等位基因频率的理解
2021-3-24 08:52
参考 NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/docs/rs_attributes.html#gmaf 网站 Global minor allele frequency (MAF): dbSNP is reporting theminor allele frequency for each rs included in a default global population. Since this is being provided ...
个人分类: whole genome sequencing analysis|1298 次阅读|没有评论
思念父亲
2018-3-4 16:51
父亲,想你了。已经半年多没能再听你说一句话了,以前从来没有这么久过,以后也不能听到了,每每想到一直陪伴我们的您永远回不来了都会感觉很心痛,唯有以泪洗面。我也是相信你说的人死如灯灭的,但现在我更愿意相信您还剩下一点什么,是上天堂的神也好,是在地狱的鬼也好,只要还有一些存在,我们总归还是可以再见到的, ...
个人分类: 日常生活|1922 次阅读|没有评论

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GMT+8, 2022-5-21 21:38

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