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[转载]杂合率检验: 冷霜 2021-4-6 16:48; 笔记 GWAS 操作流程2-5：杂合率检验育种数据分析之放飞自我 2020-04-21 20:57:42 1179 收藏 6 分类专栏： GWAS 版权一般自然群体，基因型个体的杂合度过高或者过低，都不正常，我们需要根据杂合度进行过滤。偏差可能表明样品受到污染，近亲繁殖。我们建议删除样品杂合率平均值中偏离±3 SD的个体。 ...; 个人分类: whole genome sequencing analysis|2539 次阅读|没有评论

[转载]gwas snp 和_笔记 | GWAS 操作流程2-1：缺失质控: 冷霜 2021-3-30 15:14; 「主要介绍」 ❝ --geno筛选个体； --mind筛选SNP ❞ GWAS分析时，拿到基因型数据，拿到表型数据，要首先做以下几点： 1，查看自己的表型数据，是否有问题 2，查看自己的基因型数据，是否有问题然后再进行建模，得到显著性SNP以及可视化结果。清洗数据的时间占80%的时间，有句话这样讲：“G ...; 个人分类: whole genome sequencing analysis|2742 次阅读|没有评论

[转载]Burden test 符合检验 burden analysis: 冷霜 2021-3-24 22:19; Burden analysis定义中文可翻译为负荷检验，对于复杂疾病研究的传统的关联分析都是基于位点的case-control法，寻找疾病组和正常对照组之间存在显著性频率差异的位点。而Burden analysis作为一种统计算法，则是将位于某一基因（或是和某一代谢途径相关的基因组区域，或是任意指定的某一基因组区域）内的变异位点放在 ...; 个人分类: whole genome sequencing analysis|4701 次阅读|没有评论

[转载]常见疾病-常见变异假 CD-CV: 冷霜 2021-3-24 10:53; 常见疾病-常见变异假说编辑讨论上传视频本词条缺少概述图，补充相关内容使词条更完整，还能快速升级，赶紧来编辑吧！ 1997年Collins等提出了“常见疾病，常见变异” 的假说，认为常见复杂疾病的易患性是由于人群中某些位点，特别是在基因编码区或调控区的常见变异引起的。 ...; 个人分类: whole genome sequencing analysis|1962 次阅读|没有评论

[转载]常见突变和罕见突变: 冷霜 2021-3-24 10:42; GWAS的困境——CommonorRareVariants? (2015-07-12 21:43:24) 转载 ▼ 标签： gwas 疾病稀有突变非加性遗传表观遗传分类： GWAS 我们知道GWAS有一个假设：common disease common variant（CDCV）hypothesis，即认 ...; 个人分类: whole genome sequencing analysis|3309 次阅读|没有评论

[转载]次要等位基因频率的理解: 冷霜 2021-3-24 08:52; 参考 NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/docs/rs_attributes.html#gmaf 网站 Global minor allele frequency (MAF): dbSNP is reporting theminor allele frequency for each rs included in a default global population. Since this is being provided ...; 个人分类: whole genome sequencing analysis|3042 次阅读|没有评论

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