2014年7月20日，Nature Genetics最新研究成果报道：

纤维腺瘤是常见的乳腺肿瘤，尤其是在年龄30岁以下的女性中较为常见。对8对纤维腺瘤样本（case）和全血样本（control）作为配对组织进行全外显子组测序分析，研究结果发现尽在MED12中存在复发性的体细胞突变，MED12这个基因编码Mediator complex亚基。采集另外90例纤维腺瘤患者样本进行靶向测序，研究验证在MED12基因的第2号外显子中存在高频突变位点（58/98, 59%），其可能是体细胞突变，在第44卫密码子上有71%的样本发生了突变。利用激光捕获显微切割技术，结果发现纤维腺瘤MED12突变位点不是位于乳腺上皮细胞中而是位于间充质干细胞中。突变型MED12纤维腺瘤和原型纤维腺瘤表达谱比较分析表明MED12突变与失调的雌激素信号转导和细胞外基质组织相关联。纤维腺瘤MED12突变谱和前期报道的在子宫肌瘤而非其他肿瘤中存在的MED12突变几乎是相同的。乳腺和子宫的良性肿瘤都是雌激素重要的靶向组织，其可能通过MED12高频率及特定的突变而享有共同的遗传机制。

1)样本情况：98例纤维腺瘤肿瘤样本，其中12例为新鲜冰冻样本、86例为FFPE样本；

2)DNA提取：新鲜冰冻样本结合Qiagen Blood and Cell Culture DNA kit试剂盒提取；FFPE样本结合Qiagen FFPE DNA kit提取；

3)外显子捕获及测序：

   8对配对样本，即8个新鲜冰冻的纤维腺瘤样本和全血样本的gDNA；

   Covaris S2 (Covaris) system打断gDNA；

   接头连接试剂盒：Truseq Paired- End Genomic DNA kit (Illumina)；

   外显子捕获试剂盒：SureSelectXT Human All Exon v3 (50 Mb) kit (Agilent Technologies)；

   外显子组测序：Illumina’s HiSeq 2000 76PE；

   Sanger测序验证；

4)为检测MED12基因第2外显子中的低-频敏感变异，开展ultra--deep targeted amplicon sequencing：

   90例纤维腺瘤样本；

   在MED12第2外显子两端设计引物进行6个PCR产物扩增，即 Six PCR amplicons；

   混合amplicons：Fluidigm's Access Array System混合；

   文库构建：TruSeq HT DNA Sample Preparation kit (Illumina) ；

   测序：llumina MiSeq NGS platform for 150 cycles using the MiSeq Reagent kit v3。

 5)转录组测序：

    7个 MED12--mutant样本，源自新鲜冰冻样本；

    提取总RNA；

   SuperScript III First-Strand Synthesis SuperMix反转录（Invitrogen）；

    以反转录cDNA作为模板在MED12外显子1和外显子3之间进行PCR扩增，Sanger测序；

6)激光捕获显微切割技术Laser Capture Microdissection (LCM)

     LCM切割；

     切割样本基因组DNA提取：Qiagen FFPE DNA Tissue kit (Sample006) or the Qiagen QIAamp DNA Micro kit (other samples)；

     PCR扩增；Sanger测序；

7)芯片-基因表达谱：

    10个新鲜冰冻纤维腺瘤样本；

    总RNA提取：TRIzol (Invitrogen) and purified using the RNeasy mini kit (Qiagen)；

    芯片：Affymetrix GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0 microarrays；

 8)Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)

     为确实MED12中突变的候选靶基因，我们将本研究中的基因表达数据与已公开的UL肿瘤的基因表达谱数据进行整合，统计MED12-mutated样本 (n = 8) 和wild-type UL样本(n = 2)之间表达上调两倍和四倍的基因信息，然后结合GSEA分析工具来评估基因差异上调是否显著。

 9)Gene Set Variation Analysis(GSVA)

    结合GSVA分析方法在个体水平挖掘相对通路活性。

Abstract: Fibroadenomas are the most common breast tumors in women under 30 (refs. 1,2). Exome sequencing of eight fibroadenomas with matching whole-blood samples revealed recurrent somatic mutations solely in MED12, which encodes a Mediator complex subunit. Targeted sequencing of an additional 90 fibroadenomas confirmed highly frequent MED12 exon 2 mutations (58/98, 59%) that are probably somatic, with 71% of mutations occurring in codon 44. Using laser capture microdissection, we show that MED12 fibroadenoma mutations are present in stromal but not epithelial mammary cells. Expression profiling of MED12-mutated and wild-type fibroadenomas revealed that MED12 mutations are associated with dysregulated estrogen signaling and extracellular matrix organization. The fibroadenoma MED12 mutation spectrum is nearly identical to that of previously reported MED12 lesions in uterine leiomyoma but not those of other tumors. Benign tumors of the breast and uterus, both of which are key target tissues of estrogen, may thus share a common genetic basis underpinned by highly frequent and specific MED12 mutations.

新浪博客：http://blog.sina.com.cn/s/blog_13366249a0102uxaf.html。

文献链接：Exome sequencing identifies highly recurrent MED12 somatic mutations in breast fibroadenoma; Nature Genetics (2014) doi:10.1038/ng.3037. Exome sequencing identifies highly recurrent MED12 somatic mutations in breast f.pdf，如不能下载文献请与我联系ttwu@macrogencn.com，谢谢！

生物通报道：女性常见乳腺肿瘤的遗传学原因。