科学网—hypermarket的博文

热度 6 谢强 2015-12-13 12:33

系统发育重建中会被使用到的算法大体包括最大简约法(maximum parsimony, MP)，非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means, UPGMA)，邻接法（neighbor-joining method, NJ），最小进化法(minimum evolution, ME)，最大似然法(maximum likelihood, ML)，贝叶斯推断(Bayesian ...

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基于GPU流处理单元的MrBayes并行加速

谢强 2015-11-20 10:01

随着用于分子系统发育推断数据量的增大，尤其是基于基因组和转录组的大数据时代的来临，越来越多研究者面临计算周期延长的挑战，因此人们提出了一些通过并行计算进行加速的解决方案。其中最典型的要数基于多CPU的解决方案，这种解决方案出现的时间最早、最成熟，目前也都受主流系统发育重建软件的支 ...

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分歧时间研究中用作标定的化石所处的层位时间

谢强 2015-11-14 12:10

随着越来越多较为可靠的系统发育框架的出现，很多研究者都在进行分歧时间推断的分析，这其中需要对某些节点进行分歧时间标定，基于已知推断未知。在大多数情况下，时间标定还是以化石为主，尤其是对高级阶元系统发育而言。在Paleobiology Database中（ https://paleobiodb.org/cgi-bin/bridge.pl?a= ...

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上察隅脱困记

热度 3 谢强 2015-9-27 18:15

2015年8月17日，我们从西藏波密县城驾车进入察隅县，当晚住在县城。8月18日，我们出发开往上察隅镇。临出发前，听说318国道通麦到排龙段的一座桥被冲毁了，318国道因此中断（当时有波密的朋友还给我们发了波密县城发大水的照片）。我们曾于8月14日和8月16日两次经过那个路段，听到这样的消息，既感 ...

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目前分子系统发育研究中的两点局限性

谢强 2015-9-25 11:27

虽然分子系统发育的数据分析流程在几乎所有环节都已经实现量化、自动化，但是从现代自然科学的研究传统来看，目前的分子系统发育研究还存在2个普遍问题，一个是缺少分子生物学中已经长期例行使用的单因素对照分析，另一个是对多证据一致指向的重视。 1.分子系统发育的数据集 ...

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高级阶元昆虫转录组研究中的标本问题

谢强 2015-7-13 22:04

基于转录组的昆虫（及其它很多无脊椎动物）高级阶元系统发育研究给研究者提出了一项挑战，就是合格样品的获取，这其中的困难来自于5个方面。第一，对于完整的代表类群选取这一要求来说，有些关键类群由于分布范围的局限，或生境的隐秘，或种群涨落季节性的差异，是不容易被 ...

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1KITE项目中科级分类单元覆盖度的粗略计算

谢强 2015-6-1 16:28

在 1000 种昆虫转录组计划（ 1k insect transcriptome evolution, 1Kite ）的研究中，主要的类群选取（ http://www.1kite.org/downloads/1KITE_species.txt ）集中在目间关系、多新翅类Polyneoptera、完全变态类Holometabola等几大方向，以及蜻蜓目 Odonata 、网翅总目 Dicty ...

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1995-2014的20年间主要序列分子标记在系统发育重建中的使用简况

谢强 2015-6-1 15:58

目前，分子系统发育研究中所主要使用的序列分子标记，大体上可以分为 4 类，第 1 类是核基因 rDNA （ nrDNA ），在动物界中为 18S 和 28S ，分别与原核生物的 16S 和 23S 同源；第 2 类是线粒体基因，包括 13 个蛋白质编码基因（ protein coding genes, PCGs ）和 2 个 rDN ...

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