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Converting Genome Coordinates From One Version To Another
热度 1 郑俊娟 2014-5-26 22:28
Some recent posts reminded me that it might be useful for us to review the options for converting between genome coordinate systems. This comes up in several contexts. Probably the most common is that you have some coordinates for a particular version of a reference genome and you w ...
2886 次阅读|2 个评论 热度 1
bed format bed格式
郑俊娟 2014-5-23 15:25
bed文件是ucsc 的genome browser的一个格式,3+9=12列,前三列是基本列,后九列是附加列 下面概要介绍一下: 基本列 1. chrom #chrom 或者scaffold 名称 2. chromStart #feature在chrom中的起始位置(前坐标),chrom的第一个碱基的坐标是0,chromStart如果等于2,其实表示的是第三个碱基,featur ...
个人分类: NCBI|5045 次阅读|没有评论
彻底搞清楚promoter, exon, intron, and UTR
热度 2 郑俊娟 2014-5-8 13:46
• 启动子 : RNA 聚合酶特异性识别和结合的 DNA 序列。 • promoter 自然不属于 intron 和 Exon 的任何一个,属于 noncodingsequence 。 • noncoding RNA 是现在研究的热点之一。我们常见的 MiRNA,SiRNA ,antisense RNA tech, 这些 ...
个人分类: Study everyday|20907 次阅读|2 个评论 热度 2
奥黛丽·赫本名言精选
热度 1 郑俊娟 2014-5-6 17:02
她是《罗马假日》中不食人间烟火的公主,《蒂梵尼早餐》中流连于上层社会的拜金女,《窈窕淑女》中满口乡音的卖花女,《战争与和平》中的女主角“娜塔莎”。在我们心中,她始终那个清澈如水、举止优雅的女子。她的存在让我们看到了天使的美。昨天是奥黛丽·赫本85周岁诞辰纪念日,我们来看看她遗留在世间的那些美言。 ...
2761 次阅读|1 个评论 热度 1
TCGA—— Pan-Cancer analysis project(20140430)
郑俊娟 2014-4-30 16:39
Abstract The Cancer Genome Atlas (TCGA) Research Network has profiled and analyzed large numbers of human tumors to discover molecular aberrations at the DNA, RNA, protein and epigenetic levels. The resulting rich data provide a major opportunity to develop an integrated picture of commonalities, ...
个人分类: cancer related|4096 次阅读|没有评论
wget 命令用法详解
热度 1 郑俊娟 2014-4-28 16:13
wget是在Linux下开发的开放源代码的软件,作者是Hrvoje Niksic,后来被移植到包括Windows在内的各个平台上。它有以下功能和特点: (1)支持断点下传功能;这一点,也是网络蚂蚁和FlashGet当年最大的卖点,现在,Wget也可以使用此功能,那些网络不是太好的用户可以放心了; (2)同时支持FTP和HTTP下载方式;尽管现在大部 ...
个人分类: Linux|2324 次阅读|1 个评论 热度 1

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