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R包qqman——画曼哈顿图
郑俊娟 2017-7-10 15:30
众多周知, R 语言提供了各种各样的包,方便实现我们的目的,下面给大家介绍一个可以便捷的画曼哈顿图的包: qqman install.packages(“qqman”) # 安装包 library(“qqman”) #加载包 data(package=“qqman”) # 查看qqman包中的测试数据,此包中包含gwasResults snpsOfInte ...
个人分类: R|7324 次阅读|没有评论
文章投什么杂志
郑俊娟 2017-7-7 14:03
以下这些情况是否在你的科研生活中出现,并给你一定的困扰: 你想投文章,却不知道该投什么杂志? 你在写文章中,想找一篇相关的文章来引用? 如果你是Editor,想为文章找审稿人? 这些问题特别是第1点一定给做科研的人带来了困扰,当然首先你得有manuscript(说多了都是泪)。 这时候我们需要一款神器 ...
个人分类: R|2371 次阅读|没有评论
rvcheck: R/Package Version Check——Update R packages
郑俊娟 2017-7-7 12:20
更新R较为无痛的方法已经在 hello yosemite 一文中提及。今天Bioconductor发布3.4版本,又是更新R包的时候了。 之前为了 吐槽 很多人问问题都是在使用早已不维护的老版本,写了 rvcheck 来帮忙检查版本。既然能够帮我们检查版本,自然能够帮忙升级。 使用rvcheck::update_all()可以自动更新CRAN, Bioconductor和Githu ...
个人分类: R语言|3236 次阅读|没有评论
Convert Gene Symbols To EntrzID
郑俊娟 2017-6-26 17:12
library(org.Hs.eg.db) symbols - c('JAK1','AATK','A2BP1','A2LD1')select(org.Hs.eg.db, symbols, c(ENTREZID,GENENAME), ALIAS) ALIAS ENTREZID GENENAME1 1 JAK1 3716 Janus kinase 1 2 AATK 9625 apoptos ...
个人分类: R语言|2756 次阅读|没有评论

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